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    煙臺黑豬SLA-DRA基因編碼區(qū)多態(tài)性及生物信息學(xué)分析

    2017-12-12 12:04:12黃曉宇袁軍虎楊巧麗馬艷萍滾雙寶
    華北農(nóng)學(xué)報 2017年1期
    關(guān)鍵詞:黑豬外顯子煙臺

    黃曉宇,袁軍虎,楊巧麗,馬艷萍,滾雙寶,3

    (1.甘肅農(nóng)業(yè)大學(xué) 動物科學(xué)技術(shù)學(xué)院,甘肅 蘭州 730070;2.河南省漯河市畜牧局,河南 漯河 462000;3.甘肅省現(xiàn)代養(yǎng)豬工程技術(shù)研究中心,甘肅 蘭州 730070)

    豬白細胞抗原 (Swine lymphocyte antigen,SLA)Ⅱ類基因簇是SLA三類基因中跨度最小(0.5 Mb)的基因分子,定位于7q1.1長臂,其主要功能是通過抗原呈遞細胞(APC)將外源性抗原呈遞給 CD4+輔助 T 細胞受體,導(dǎo)致 TCR 激活和分化,從而在清除外來抗原和誘發(fā)免疫應(yīng)答過程中起重要作用,SLAⅡ類基因?qū)游锏目共⌒院蜕a(chǎn)性能方面具有廣泛的影響[1-2]。SLAⅡ類區(qū)域編碼多種多樣的基因,包括-DR、-DQ、-DM和-DO蛋白的 α 鏈和 β 鏈基因,其中僅有 -DR和 -DQ基因能在蛋白質(zhì)水平上表達[3]。DRA基因位于Ⅱ類抗原 α 鏈,由 4 個外顯子組成,外顯子 1 編碼前導(dǎo)序列,外顯子2、3 分別編碼 α1 和 α2 功能區(qū),外顯子 4 編碼跨膜區(qū)和胞漿區(qū),DRA基因?qū)儆诘投榷鄳B(tài),具有一定的保守性[4]。

    目前,關(guān)于豬DRA基因的報道主要集中在不同豬種DRA基因外顯子多態(tài)性及其與生產(chǎn)性狀和疾病抗性等方面的研究[5-9],而有關(guān)DRA基因蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)的研究僅見于長白豬、藏豬、合作豬、湖南大圍子豬、沙子嶺豬、八眉豬、巴馬小型豬[10-15],尚未有關(guān)于煙臺黑豬DRA基因蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)特性的報道。莫斯科等[11]對甘肅藏豬DRA和DRB基因的同源性對比顯示了合作豬在豬-人異種移植中的應(yīng)用潛力。唐醫(yī)亞等[12]和王燕等[13]通過對湖南沙子嶺豬和湖南大圍子豬SLA-DR基因克隆,認(rèn)為2個品種豬SLA-DR基因與人HLA-DR基因間具有較高的同源性。劉麗霞等[14]對八眉豬DRA基因編碼區(qū)進行蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測發(fā)現(xiàn)DRA基因編碼一種不穩(wěn)定的不可溶蛋白。姜平等[15]對荷包豬DRA-HB全基因編碼區(qū)進行克隆測序并分析了其分子進化關(guān)系后,發(fā)現(xiàn)其變異區(qū)集中在135,159,202位點。

    煙臺黑豬原產(chǎn)地為膠東地區(qū),是以當(dāng)?shù)鼗移ず谪i為基礎(chǔ),選育而成的一種優(yōu)良地方豬種,具有抗逆性強、產(chǎn)仔率高、耐粗飼、生長發(fā)育快、肉品質(zhì)好等特點[16],因此,本研究以甘肅紅古區(qū)引入的煙臺黑豬為研究對象,采用 PCR-SSCP、克隆測序和生物信息學(xué)等方法研究SLA-DRA基因編碼區(qū)(Coding region,CDS)多態(tài)性、氨基酸理化性質(zhì)、結(jié)構(gòu)域特征,并對蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)和功能進行預(yù)測和分析,以期明確煙臺黑豬SLA-DRA基因的遺傳特征,為該基因作為某些經(jīng)濟性狀和抗病候選基因等遺傳育種研究提供一定的理論依據(jù)。

    1 材料和方法

    1.1 試驗材料

    290 頭煙臺黑豬來自甘肅省紅古區(qū)黑豬飼養(yǎng)場。采集耳組織樣品,-20 ℃ 保存,常規(guī)酚/氯仿抽提法提取基因組 DNA,經(jīng)瓊脂糖凝膠電泳和紫外分光光度法檢測 DNA 的純度和濃度,檢測合格后,-20 ℃ 保存?zhèn)溆谩?/p>

    1.2 引物設(shè)計和PCR擴增

    參照 GenBank 中太湖豬SLA-DRA基因序列(登錄號:AY303990),采用 Primer 5.0 軟件設(shè)計SLA-DRA基因4個外顯子的擴增引物(表 1),由大連寶生物公司合成。

    PCR 擴增采用 25 μL 的反應(yīng)體系:10×Buffer 緩沖液 2.5 μL,dNTP 1 μL(2.5 mmol/μL),上下游引物各0.5 μL(10 pmol/μL),TaqDNA聚合酶 0.5 μL(5 U/μL),模板 DNA 1 μL(50~100 ng/μL),滅菌 ddH2O 19 μL。PCR 擴增條件;預(yù)變性 94 ℃ 3 min;變性 94 ℃ 30 s,退火溫度詳見表 1,延伸 72 ℃ 30 s,35 個循環(huán);最后延伸 72 ℃ 10 min,4 ℃ 保存,PCR 產(chǎn)物用 2% 的瓊脂糖凝膠電泳檢測。

    1.3 PCR 擴增產(chǎn)物的 SSCP 檢測

    分別取 3 μLSLA-DRA基因 PCR 產(chǎn)物,加入 7 μL 變性劑(98% 去離子甲酰胺、0.025% 溴酚藍、0.025% 二甲苯青、10 mmol/L EDTA(pH值0.8)),經(jīng) 98 ℃ 變性 10 min,迅速冰浴 10 min,上樣于充分預(yù)冷的非變性聚丙烯酰胺凝膠,4 ℃ 條件下進行電泳,電泳條件參見表 1,電泳結(jié)束后銀染法顯色。

    表1 SLA-DRA基因外顯子的引物序列和SSCP反應(yīng)條件Tab.1 Primer and SSCP condition of SLA-DRA gene exons

    注:Acr∶Bis.丙烯酰胺與N,N′-亞甲基雙丙烯酸酰胺的比值。

    Note: Acr∶Bis.The ratio of acrylamide and N,N′-methylenebisacrylamide.

    1.4 克隆測序

    根據(jù)顯影后不同的 SSCP 條帶模型,每種類型隨機挑取 3 個不同的 PCR 產(chǎn)物,用瓊脂糖凝膠 DNA 回收試劑盒回收純化后,采用載體 pMD?19-T Vector 連接,構(gòu)建重組質(zhì)粒,并轉(zhuǎn)化大腸桿菌(Escherichiacoli)DH5α 菌株;挑選陽性克隆培養(yǎng)后,進行菌液 PCR 擴增;菌液 PCR 產(chǎn)物與初始 PCR 產(chǎn)物再次通過非變性聚丙烯酰胺凝膠電泳,顯色后進行模型條帶比較,進一步確定測序菌落的正確性,每一種基因型挑選 2 個克隆的菌液 PCR 產(chǎn)物送上海生物工程有限公司進行測序。

    1.5 數(shù)據(jù)統(tǒng)計及生物信息學(xué)分析

    利用PopGene 32 軟件和 PIC 軟件(Bostein)[17]計算基因的多態(tài)性信息,MEGA 6.0 軟件進行 DNA 分析與比對,SLA-DRA基因及其蛋白質(zhì)的生物信息學(xué)分析過程如表 2 所示。

    表2 蛋白質(zhì)功能和結(jié)構(gòu)預(yù)測相關(guān)網(wǎng)站Tab.2 The websites and softwares of prediction of function and structure of protein

    2 結(jié)果與分析

    2.1 SLA-DRA基因核苷酸序列多態(tài)性分析

    2.1.1 PCR 擴增及 SSCP 檢測SLA-DRA基因外顯子的PCR擴增產(chǎn)物經(jīng) 2% 的瓊脂糖凝膠電泳檢測,目的條帶清晰且無非特異擴增者,判斷其擴增產(chǎn)物為目的條帶,再進行后續(xù)試驗分析。經(jīng) SSCP 檢測,exon 1 檢測到 2 種等位基因(A 和 B),共形成 3 種基因型(AA、BB 和 AB,圖 1-A);exon 2 檢測到 3 種等位基因(A、B 和 C),共形成 4 種基因型(AA、BB、AB 和 AC,圖 1-B);exon 3 僅檢測到 1 種等位基因 A,形成1種基因型 AA(圖 1-C),exon 4 檢測到 5 種等位基因(A、B、C、D和 E),共形成 8 種基因型(AA、BB、AB、CC、BC、AC、DD和 AE,圖 1-D)。

    每種帶型代表1種基因型。Every pattern represents one genotype.

    2.1.2SLA-DRA基因外顯子序列比對分析 將克隆測序得到的序列去除引物序列及內(nèi)含子序列,得到有效的外顯子序列,將4個外顯子的等位基因序列利用 dbSNP 進行比對,發(fā)現(xiàn) exon 1、2、4 分別檢測到 2,2 ,7個SNPs(表 3),共導(dǎo)致 7 個氨基酸發(fā)生錯義突變,exon 1 等位基因 A含有 2個SNPs(c.178A>G和c.179G>A),導(dǎo)致1個氨基酸發(fā)生變異 p.10Gly>Arg;exon 2 等位基因 C包含2個 SNP 位點,其中包括1個新的SNP位點c.3104C>T,該位點沒有引起氨基酸的變異;exon 4 共檢測到7個SNPs,多態(tài)性最為豐富,導(dǎo)致5個氨基酸發(fā)生變異(p.206Gln>Asn、p.212Thr>Asn、p.216Thr>Pro、p.219Ala>Ser 和 p.248Arg>His),屬于錯義突變,詳見表 3。各外顯子等位基因序列提交至 GenBank,登錄號見表 4。

    表3 煙臺黑豬SLA-DRA基因CDS區(qū)突變位點Tab.3 The mutations sites of SLA-DRA gene CDS region in Yantai black pig

    注:加下劃線表明新突變位點。

    Note:The underline represent the new mutation site.

    表4 豬 SLA-DRA基因等位基因和基因型的頻率、遺傳參數(shù)及 GenBank 基因序列登錄號Tab.4 The allelic and genotypic frequencies,population genetic parameters of SLA-DRA gene and the accession numbers in GenBank database

    2.2 SLA-DRA基因CDS區(qū)蛋白質(zhì)的功能和結(jié)構(gòu)預(yù)測

    2.2.1SLA-DRA基因開放閱讀框(Open reading frame,ORF)的分析 根據(jù) NCBI 數(shù)據(jù)庫 ORF Find 在線軟件預(yù)測煙臺黑豬SLA-DRA基因編碼區(qū)開放閱讀框,由圖 2 所示,一共預(yù)測出6個開放閱讀框,其中第 1~758 bp 為最長、最完整的SLA-DRA基因開放閱讀框。

    圖2 SLA-DRA 基因開放閱讀框預(yù)測Fig.2 The open reading frame prediction of SLA-DRA gene sequence

    2.2.2SLA-DRA基因氨基酸序列理化性質(zhì)分析 豬SLA-DRA基因編碼區(qū)核苷酸序列全長為 759 bp,共編碼 252 個氨基酸和 1 個終止子,其中有 7 個氨基酸發(fā)生變異,分布在 exon 1、2、4 區(qū)域。SLA-DRA基因與參考序列AY303990的 CDS 氨基酸對比見圖 3。SLA-DRA基因的氨基酸分子式為C2267H3777N759O941S208,分子量為 7 952,等電點(pI)理論值為 5.08,偏弱酸性。脂肪系數(shù)為 23.58,半衰期為 4.4 h,不穩(wěn)定系數(shù)為 50.11(<40 為穩(wěn)定蛋白),屬于不穩(wěn)定蛋白質(zhì)。蛋白質(zhì)功能位點預(yù)測結(jié)果顯示:SLA-DRA基因氨基酸鏈包括2個N-糖基化位點(第141~143,244~246位)和 10 個磷酸化位點(第36,38,42,64,116,166,179,184,207,213位)。

    波浪下劃線為N-糖基化位點;加粗下劃線為磷酸化位點;黑色方框為信號肽區(qū)域。The wave underline represents N-glycosylation site;Bold underlined represents phosphorylation site;Black box is signal peptide.

    2.2.3SLA-DRA基因氨基酸序列的疏水性分析 對SLA-DRA基因氨基酸親水性進行預(yù)測,發(fā)現(xiàn) 4 個親水性密集區(qū)域(圖 4):第 36~77 位、第 96~123 位、第 160~215 位和第 240~248 位,其中第 227 位的纈氨酸(Val)親水性最強,第 102 位的天冬氨酸(Asn)疏水性最強,總平均疏水系數(shù)為 0.842,為親水性蛋白質(zhì)。

    2.2.4SLA-DRA基因蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)域分析 對蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)域進行預(yù)測,結(jié)果發(fā)現(xiàn)SLA-DRA基因存在1個信號肽區(qū)域(第1~23位)和2個免疫球蛋白結(jié)合域(Immunoglobulin domain),分別位于:第 125~196 位 IGc1 域和第 199~251 位 C1 恒定區(qū)。

    2.2.5SLA-DQA基因蛋白質(zhì)高級結(jié)構(gòu)的同源建模及合理性分析SLA-DRA基因的二級結(jié)構(gòu)包含 α螺旋 59個(23.32%),β 折疊25個(9.88%),無規(guī)則卷曲96個(37.94%)和延伸鏈 73個(28.85%)(圖5)。以 SWISS-MODEL 數(shù)據(jù)庫序列4fqx.1.D(2.60?)為模板[18],構(gòu)建SLA-DRA基因蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)的同源模型,結(jié)果見圖6,該模型為單鏈空間構(gòu)型,包括第 25~204 位氨基酸,該模型與模板序列相似性為0.58%,序列一致性達到 85.86%。全球模型質(zhì)量評估(GMQE)得分為 0.79[19-20]。運用DeepView 軟件拉氏構(gòu)象圖檢測同源模型的合理性,結(jié)果發(fā)現(xiàn)三維模型包括180 個氨基酸,其中173個氨基酸殘基(96.1%)的二面角落在允許的范圍內(nèi),僅有 7 個氨基酸殘基(3.9%)的二面角落在不允許范圍內(nèi)(圖7),SLA-DRA基因三維模型的二面角(φ,ψ)構(gòu)象能量最低且穩(wěn)定,符合立體化學(xué)所允許的構(gòu)象圖。

    圖4 SLA-DRA基因 CDS 蛋白質(zhì)親水性預(yù)測Fig.4 The hydropathicity prediction of SLA-DRA gene CDS protein

    圖5 SLA-DRA基因 CDS 蛋白質(zhì)二級結(jié)構(gòu)預(yù)測Fig.5 Putative result of SLA-DRA gene CDS protein secondary structure

    圖6 豬SLA-DRA蛋白三級結(jié)構(gòu)模型預(yù)測Fig.6 Putative result of SLA-DRAprotein tertiary structure

    A.允許區(qū);B.臨界限制區(qū);C.不允許區(qū)。A.Appropriate area;B.Critical limits area;C.Inadmissibility area.

    2.2.6SLA-DRA基因 CDS 區(qū)蛋白質(zhì)功能特性預(yù)測 對SLA-DRA基因的蛋白質(zhì)功能進行預(yù)測,結(jié)果見表 5。由表 5 數(shù)據(jù)可以看出,SLA-DRA基因的蛋白在信號轉(zhuǎn)導(dǎo)、受體、脅迫應(yīng)答、免疫應(yīng)答和生長因子等方面的幾率均較高。

    表5 SLA-DRA基因編碼蛋白質(zhì)的功能預(yù)測Tab.5 Putative result of protein function between SLA-DRA gene

    2.3 SLA-DRA 基因分子進化樹的構(gòu)建

    為了研究煙臺黑豬SLA-DRA基因的分子進化關(guān)系,利用 Mega 6.0 構(gòu)建該基因及 GenBank 中檢索到的國內(nèi)外共 28 個豬種SLA-DRA基因編碼區(qū)序列的分子進化樹。結(jié)果發(fā)現(xiàn),煙臺黑豬SLA-DRA基因與其他豬種DRA基因同源性高達 99.0% 以上,分子進化樹如圖8所示。從圖8可以看出,煙臺黑豬SLA-DRA基因與廣西巴馬小型豬及雜交豬在同一進化支,同時與大白豬也具有相對較近的親緣關(guān)系。

    圖8 煙臺黑豬 SLA-DRA 基因系統(tǒng)發(fā)育樹的構(gòu)建Fig.8 The phylogenetic tree construction of SLA-DRA gene in Yantai black pig

    3 討論與結(jié)論

    豬SLA基因是豬基因組中最具多態(tài)性的基因之一,SLAⅡ 類抗原能夠結(jié)合并呈遞外源性抗原多肽到免疫細胞,進行免疫應(yīng)答[1],SLAⅡ 類抗原的表達具有一種偏好性,與DQ抗原相比,DR抗原在 CD8+T 細胞能夠集中表達,在 CD4+T 細胞中少量表達[11],而DR和DQ抗原可表達于 B 淋巴細胞和巨噬細胞表面,說明DRA基因的多態(tài)性與抗病能力具有非常重要關(guān)系,具有高度多態(tài)性的個體對環(huán)境和外界抗原的適應(yīng)性能力比低度多態(tài)的個體更有優(yōu)勢。

    目前 MHC 免疫多態(tài)性數(shù)據(jù)庫(IPD-MHC:http://www.ebi.ac.uk/ipd/mhc/sla/)已收錄了 169 條SLAⅡ 類等位基因,包括 82DRB1、44DQB1、20DQA和 13DRA。DRA基因?qū)儆诘任换蜃钌?、多態(tài)性最低、相對保守的基因,有研究顯示DRA基因與人DRA基因序列同源性更高,且具有較一致的氨基酸長度[21],對DRA基因的深入研究能夠為進一步揭示DRA基因的遺傳特征、免疫機制,并為異種移植的免疫排斥反應(yīng)提供有價值的理論依據(jù)。

    本研究在煙臺黑豬DRA基因 CDS 區(qū)共檢測到11個SNPs,共導(dǎo)致 7 個氨基酸發(fā)生變異,這些突變位點與大白豬、長白豬、杜洛克、八眉豬、蕨麻豬和甘肅黑豬DRA基因的突變一致[7,14,22],進一步證明了DRA基因具有較低的多態(tài)性。在DRA基因4個外顯子中,exon 4 的變異位點最多,多態(tài)性最為豐富,在其所形成的 8個基因型中,等位基因E只以雜合子形式存在,該種現(xiàn)象可能與近郊繁殖有關(guān),仍需進一步研究確定。exon 4 主要編碼跨膜區(qū)和胞漿區(qū),能夠通過該片段的疏水性區(qū)域插入細胞膜中,調(diào)節(jié)細胞膜的融合功能,其序列多態(tài)性的增加有利于細胞膜的跨膜運輸與信號轉(zhuǎn)導(dǎo),誘發(fā)機體更強的免疫反應(yīng),在抗原的識別與遞呈、免疫應(yīng)答與調(diào)控等方面產(chǎn)生影響[23]。

    SLA-DRA基因 CDS 區(qū)全長為 759 bp,是完整的開放閱讀框區(qū)域,共編碼 252 個氨基酸和 1 個終止子,氨基酸的理化性質(zhì)分析顯示,SLA-DRA基因蛋白質(zhì)是一種偏酸性,不穩(wěn)定,親水性蛋白質(zhì),與吳雪斌[10]對長白豬的預(yù)測結(jié)果一致。煙臺黑豬的等電點值為 5.08,較之于八眉豬的等電點值 5.12偏低[14]。半衰期遠低于八眉豬的 30 h,賈浩等[24]認(rèn)為蛋白質(zhì)半衰期與其穩(wěn)定性之間具有一定的正相關(guān)性,半衰期越長則蛋白質(zhì)越穩(wěn)定,說明煙臺黑豬SLA-DRA基因蛋白質(zhì)穩(wěn)定性比八眉豬的低,這種現(xiàn)象可能與蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)和生理功能相關(guān),有待進一步研究。

    糖基化是最重要的翻譯后修飾之一,能夠調(diào)控蛋白質(zhì)在組織和細胞中的定位、功能和活性,是與蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)和功能的關(guān)系密切的蛋白質(zhì)修飾手段,其位點的變異可能與疾病的發(fā)生有關(guān)[25],本研究預(yù)測到的氨基酸序列存在2個 N-糖基化修飾區(qū):第 141~143位、244~246 位,在合作豬、荷包豬、大圍子豬、沙子嶺豬和八眉豬中均有報道,說明這2個糖基化位點序列高度保守,可能與其承擔(dān)重要的生物學(xué)功能有關(guān)。蛋白質(zhì)磷酸化能夠改變激酶的活性和離子通道,調(diào)節(jié)蛋白質(zhì)在信號轉(zhuǎn)導(dǎo)的過程,改變基因的表達,影響細胞的生產(chǎn)和分化[26]。本研究在煙臺黑豬中預(yù)測到 10 個磷酸化位點,涉及蛋白激酶C 和酪蛋白激酶等磷酸化作用,與劉麗霞等[14]預(yù)測的八眉豬SLA-DRA基因氨基酸鏈中含有11個潛在磷酸化位點基本一致。

    煙臺黑豬DRA蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)域分析結(jié)果顯示,氨基酸序列第 1~23 位是信號肽區(qū)域,第 125~196 位形成了免疫球蛋白(IGc1)區(qū),該段區(qū)域?qū)?yīng)于 exon 3 序列,高度保守,因此,免疫球蛋白 C1 的高度特異性可能與SLAⅡ 類基因分子 α2 功能區(qū)在免疫過程中的重要作用緊密相關(guān)。此外,本研究還發(fā)現(xiàn)第 199~251 位是免疫球蛋白的 C1 恒定區(qū)。有研究表明:Ig 和 Ig-like 主要分為 V 可變區(qū)、C1 恒定區(qū)和 C2 恒定區(qū)等[27],C1 恒定區(qū)專一性與 MHC Ⅰ和Ⅱ 類復(fù)合體和不同的 T 細胞受體等分子相互作用,參與免疫系統(tǒng)反應(yīng),C1 恒定區(qū)還認(rèn)為與抗體的效應(yīng)功能相關(guān),能夠激活補體,結(jié)合細胞表面的 Fc 受體,能夠介導(dǎo)抗體、補體與吞噬細胞表面結(jié)合的調(diào)理作用及超敏反應(yīng)等過程[28]。

    與其他豬種SLA-DRA基因蛋白質(zhì)的結(jié)果相似,煙臺黑豬SLA-DRA基因蛋白質(zhì)二級結(jié)構(gòu)是含有α 螺旋(59 個)、β 折疊(25 個)、無規(guī)則卷曲(96 個)和延伸鏈(73 個)的混合模型,其三級結(jié)構(gòu)是由DRA基因 exon 2、3 編碼的第 25~204 位氨基酸組成的單鏈空間構(gòu)型,是蛋白質(zhì)行使生物功能的主要區(qū)域,這與 exon 2、3 編碼 α 鏈功能區(qū)的作用緊密相關(guān)[4]。此外,SLA-DRA基因蛋白質(zhì)的功能預(yù)測結(jié)果顯示信號轉(zhuǎn)導(dǎo)、受體、脅迫應(yīng)答、免疫應(yīng)答的幾率均略高于八眉豬,生長因子與八眉豬的一致[14],說明DRA基因功能在不同品種豬間相對穩(wěn)定,且可能對豬的抗原遞呈、結(jié)合等免疫過程以及生產(chǎn)性能方面起到較高的調(diào)節(jié)作用。分子進化樹研究發(fā)現(xiàn),煙臺黑豬DRA基因與其他豬種DRA基因同源性高達 99.0% 以上,在進化關(guān)系上與巴馬小型豬和雜交豬親緣關(guān)系較近,并且與大白豬隸屬同一進化分支,該結(jié)果可為煙臺黑豬進化起源研究提供理論依據(jù)。

    煙臺黑豬SLAⅡ 類DRA基因 4 個外顯子具有不同程度的多態(tài)性,外顯子 4 多態(tài)性最為豐富,豬SLA-DRA基因多態(tài)性的差異與豬對疾病抵抗能力的強弱有關(guān),SLA-DRA基因的蛋白質(zhì)的二級結(jié)構(gòu)都是親水性、不穩(wěn)定的混合蛋白,SLA-DRA基因可能對豬的抗原結(jié)合、呈遞能力和生產(chǎn)力起到較高的調(diào)節(jié)能力,本研究結(jié)果可為豬SLA-DRA基因作為某些經(jīng)濟性狀和抗病分子育種的候選基因和分子標(biāo)記研究提供重要的參考。

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