應用驅動的生物信息學專業(yè)英語教學體系

解增言+曾垂省+謝永芳+何曉紅+舒坤賢

（重慶郵電大學生物信息學院，重慶 400065）

摘要：生物信息學是較新的交叉學科，大部分文獻資料都是英文的，對學生的專業(yè)英語能力要求較高，僅靠開幾門課遠遠不夠。應用驅動的生物信息學專業(yè)英語教學體系在大學英語和專業(yè)英語課程的基礎上，以應用為驅動和引導，以網(wǎng)絡資源查詢、專業(yè)軟件使用及專業(yè)文獻資料的閱讀及寫作為核心內容，使學生在課程設計、綜合實驗及科研等實踐過程中提高專業(yè)英語水平，收到了良好的效果。

關鍵詞：應用驅動；生物信息學；專業(yè)英語

中圖分類號：G642.3 文獻標志碼：A 文章編號：1674-9324（2017）21-0232-02

一、前言

生物信息學是近年新興的一門交叉學科，其研究內容包含了生物信息的獲取、處理、儲存、分發(fā)、分析和解釋等在內的所有方面，它綜合運用數(shù)學、計算機科學和生物學的各種工具，來闡明和理解大量數(shù)據(jù)所包含的生物學意義（張春霆，2000）。與其他的生物學專業(yè)一樣，該專業(yè)要求學生掌握基本的專業(yè)英語閱讀和寫作能力；同時，由于是新興專業(yè)，其大部分專業(yè)資料，包括專業(yè)網(wǎng)絡資源、常用軟件和文獻資料等大都是英文，并且對生物學、計算機及數(shù)學領域的專業(yè)英語詞匯都有一定要求，因此，生物信息學專業(yè)對于專業(yè)英語的要求比其他專業(yè)更高一些。近年，人們陸續(xù)提出將任務或項目驅動教學法（周冬菊等，2011）、CBI（Content-based Instruction）專業(yè)英語教學法（智慧，2011）等應用于生物類專業(yè)英語教學，并強調網(wǎng)絡資源和應用（劉進平等，2011，2013）以及科研文獻（方強&趙威，2014）等在生物類專業(yè)英語教學中的作用。重慶郵電大學生物信息學院生物信息學本科專業(yè)通過總結不同的教學方法，結合生物信息學專業(yè)自身的特點，系統(tǒng)地提出了應用驅動的生物信息學專業(yè)英語教學體系，并收到了良好的教學效果。

二、體系構成

應用驅動的生物信息學專業(yè)英語教學體系由兩部分組成：①基礎部分，包括大學英語和生物信息學專業(yè)英語；②應用部分，包括雙語教學課程、生物信息學網(wǎng)絡資源、生物學軟件及專業(yè)文獻資料閱讀及寫作。內容由淺到深，從基礎教學逐步過渡到專業(yè)應用。整個體系以應用為驅動和向導，其核心內容是網(wǎng)絡資源查詢、專業(yè)軟件使用及專業(yè)文獻資料的閱讀及寫作，其形式主要為課程設計、綜合實驗及學生課外科研。

1.大學英語。大學英語教學分為基礎階段和應用提高階段（田志環(huán)，2008），大學英語是基礎階段的主要英語教學形式，在高中階段語法學習的基礎上，鞏固提高學生的英語聽、說、讀、寫能力，為后面的應用階段英語教學奠定基礎。

2.專業(yè)英語課程。生物信息學專業(yè)英語課程是基礎階段到應用提高階段的過渡，其教材根據(jù)本專業(yè)的特點采用自編教材，內容除生物信息相關內容外，還兼顧生物、計算機和數(shù)學（主要是概率統(tǒng)計）等領域。生物信息學專業(yè)英語課程內容分三個層次：專業(yè)英語，主要是理科專業(yè)英語的特點，常用句型；生物類專業(yè)英語，主要是了解生物學專業(yè)名詞的構詞特點及熟悉常見生物學專業(yè)名詞；生物信息學專業(yè)英語，了解生物信息學常見的研究領域，熟悉生物信息學專業(yè)詞匯。內容從一般到特殊，學生通過該課程的學習初步了解生物信息學專業(yè)英語的特點，掌握基本的專業(yè)詞匯。

3.雙語教學專業(yè)課。生物信息學專業(yè)的雙語課程是整個專業(yè)英語教學體系的核心，是學生掌握專業(yè)英語詞匯的主要途徑。雙語課程包括分子生物學、進化生物學、Perl程序設計等，其教材采用國外原版教材（影印版），教師上課幻燈片主要用英語，講解用英語+漢語，配合學生的課前預習和課后復習，在掌握專業(yè)知識的同時，熟悉生物信息學專業(yè)詞匯，提高專業(yè)英語閱讀能力。

4.網(wǎng)絡資源。隨著生物信息學的快速發(fā)展，網(wǎng)絡上英文的生物信息學資源也越來越多，主要包括生物學數(shù)據(jù)庫、多媒體生物信息學資料（如新一代測序儀介紹等）及公開課視頻資料。網(wǎng)絡生物數(shù)據(jù)庫如GenBank、UniProt、Ensembl、Pfam、PDB等包含了大量的生物學數(shù)據(jù)及分析工具，內容系統(tǒng)完整，更新速度快，是生物科研工作者的寶庫，同時也是生物信息學專業(yè)英語學習的寶貴資源。這些數(shù)據(jù)庫的幫助頁面有詳細的資源介紹及使用方法說明，若能仔細閱讀，在學習這些網(wǎng)絡資源的同時，專業(yè)英語能力也會有極大的提高。另外，網(wǎng)絡上的很多公開課，如亞利桑那大學的“生物多樣性”、可汗學院的“生物學”及“概率”、麻省理工學院的“生物學導論”等，都是很好的在線學習資源。

5.生物信息學軟件。生物信息學領域很多常用的軟件，如序列比對軟件BLAST、FAST、TeeCoffee、ClustalW/X系統(tǒng)發(fā)育分析軟件MEGA、PAUP、PHYLIP、PAML，新一代測序數(shù)據(jù)分析軟件Velvet、SOAP、Bowtie、BWA等及其他生物信息學領域的很多軟件的界面及幫助文檔都是英文，在掌握使用這些軟件的同時，也可以熟悉相關領域的英文專業(yè)詞匯。

6.專業(yè)文獻資料閱讀。在學生的生物信息學課程設計、生物信息學綜合實驗、畢業(yè)設計、科研班及創(chuàng)新實驗等課程及活動中，需要閱讀適量的英文文獻。在前面掌握了一定量的專業(yè)詞匯的基礎上，通過英文文獻資料的閱讀，進一步提高了學生的專業(yè)英語閱讀水平，并初步掌握生物信息學專業(yè)英語寫作的基本要求，對于學生以后的研究生階段的學習或專業(yè)相關工作奠定了專業(yè)英語基礎。

三、教學效果

專業(yè)英語學習的最終目的是應用，主要包括專業(yè)英語文獻資料的閱讀及論文寫作，因此，對于教學效果也主要從閱讀和寫作兩方面進行評價。

1.專業(yè)英語閱讀。經(jīng)過幾年系統(tǒng)的專業(yè)英語學習，學生從入學時覺得專業(yè)英語神秘莫測，看到英文資料就跳過，到畢業(yè)時能比較順利地閱讀專業(yè)文獻資料，查詢GenBank等英文專業(yè)數(shù)據(jù)庫，也不再害怕使用英文界面的專業(yè)軟件。

2.專業(yè)英語寫作。在專業(yè)英語閱讀能力提高的基礎上，學生的專業(yè)英語寫作能力也有了較大提高。尤其是科研班的同學，基本上可以用英語將自己的科研工作總結成論文初稿，畢業(yè)論文中的英文摘要也較少出現(xiàn)語法和拼寫錯誤。

經(jīng)過四年的學習，學生生物信息學專業(yè)英語的閱讀和寫作能力都有了較大提高，為進一步的學習和工作打下了良好的基礎。

四、結語

該體系以應用為導向，從基礎到應用，由易到難，主要培養(yǎng)學生的生物信息學專業(yè)英語閱讀能力，兼顧專業(yè)英語寫作訓練，取得了較好的效果。英語的學習是一個積累與逐步提高的過程，專業(yè)英語更是如此，尤其是專業(yè)詞匯的積累需要大量的閱讀與寫作實踐。因此，要使學生學好專業(yè)英語，僅靠開幾門課是遠遠不夠的。學生通過課程設計及生物信息學綜合實驗等應用性課程及課外科研活動，在掌握了專業(yè)知識的同時提高了專業(yè)英語閱讀和寫作能力，為進一步深造打下基礎。

參考文獻：

[1]張春霆.生物信息學的現(xiàn)狀與展望[J].世界科技研究與發(fā)展，2000，26（2）.

[2]周冬菊，牛睿祺，張延萍，周惠云，梁菊.任務驅動法對制藥工程專業(yè)英語教學效果的提升作用[J].現(xiàn)代醫(yī)藥衛(wèi)生，2011，27（15）.

[3]智慧.基于CBI教學理念的生物信息學專業(yè)英語教學模式設計[J].創(chuàng)新教育，2011，（28）.

[4]劉進平，莊南生，王英，唐燕瓊，許云，黃小龍.生物類專業(yè)英語利用互聯(lián)網(wǎng)資源輔助教學法[J].科技信息，2011，（14）.

[5]劉進平，莊南生，王英，唐燕瓊，許云，黃小龍.“以應用為中心”的生物類專業(yè)英語教學改革與實踐[J].大學教育，2013，（12）.

[6]方強，趙威.將科研文獻引入生物科學專業(yè)英語的教改實踐和探討[J].教育科學論壇，2014，（32）.

[7]田志環(huán).生物學專業(yè)英語教學的探索與實踐[J].高教論壇，2008，（5）.

收稿日期：2016-11-26

基金項目：重慶市教育教學改革項目（143011，yjg132030）；重慶郵電大學教育教學改革項目（2013YL-13，XJG1125，XJG1411，XJG1316，XJG1627）