廣西壯族人群IL-27基因位點rs40837多態(tài)性研究

韋寶斌，陳華泰，覃永斗，陳善萍，徐　沖，韋貴將，唐毓金，王俊利▲

(右江民族醫(yī)學院1.醫(yī)學檢驗學院2013級醫(yī)學檢驗技術(shù)本科，2.醫(yī)學檢驗學院2014級衛(wèi)生檢驗與檢疫本科，3.附屬醫(yī)院，百色533000)

廣西壯族人群IL-27基因位點rs40837多態(tài)性研究

韋寶斌1，陳華泰1，覃永斗2，陳善萍1，徐沖1，韋貴將3，唐毓金3，王俊利3▲

(右江民族醫(yī)學院1.醫(yī)學檢驗學院2013級醫(yī)學檢驗技術(shù)本科，2.醫(yī)學檢驗學院2014級衛(wèi)生檢驗與檢疫本科，3.附屬醫(yī)院，百色533000)

目的分析白細胞介素27(IL-27)單核苷酸多態(tài)性(SNP)位點rs40837的基因型和等位基因型在廣西壯族人群中的分布頻率，對比其在不同種族間的分布差異。方法利用SNaPshot SNP分型技術(shù)檢測150名廣西壯族IL-27基因SNP位點rs40837的基因型，對比國際人類基因組單倍型圖譜計劃(HapMap)上中國北京人群、日本人群、歐洲人群和非洲人群的SNP分型數(shù)據(jù)，分析五個人群的IL-27基因SNP位點rs40837的基因型和等位基因型頻率的差異。結(jié)果廣西壯族人群IL-27基因rs40837位點的基因型與性別無關。其基因型與歐洲人群和中國北京人群相比差異無統(tǒng)計學意義(P＞0.05)，而與日本人群和非洲人群相比差異有統(tǒng)計學意義(P＜0.05)。其等位基因型頻率與歐洲人群相比差異無統(tǒng)計學意義(P＞0.05)，而與中國北京人群、日本人群和非洲人群相比則差異有統(tǒng)計學意義(P ＜0.05)。結(jié)論IL-27基因SNP位點rs40837的基因型和等位基因型在廣西壯族人群中的分布頻率與其他種族人群相比可能存在差異，而且這種差異可能是導致某些疾病的發(fā)病率和臨床表現(xiàn)在不同種族人群間存在差異的因素之一。

白細胞介素27;單核苷酸;基因型;多態(tài)性;種族

白細胞介素27(Interleukin-27，IL-27)是2002年被發(fā)現(xiàn)并命名的一種具有免疫調(diào)節(jié)作用和抗腫瘤血管生成等生物學功能的細胞因子，主要由抗原提呈細胞產(chǎn)生，是IL-12家族的主要成員之一，由p28和EBI3亞基通過二硫鍵結(jié)合形成，其基因位于第16對染色體短臂上(16p11)，具有4個內(nèi)含子和5個外顯子。有研究顯示，IL-27基因存在多個功能性多態(tài)性位點，且與肺癌、哮喘和結(jié)直腸癌等疾病具有相關性［1～3］。因此，有必要研究IL-27基因多態(tài)性在地域以及人群中的分布，這將為某些疾病在不同地區(qū)及不同人群中發(fā)生發(fā)展關系提供相關資料。本研究通過SNaPshot SNP分型技術(shù)檢測150名廣西壯族人群IL-27基因位點rs40837的遺傳SNP，其結(jié)果與國際人類基因組單倍型圖譜計劃(HapMap)公布的中國北京人群、日本人群、歐洲人群和非洲人群的SNP檢測結(jié)果作對比，分析IL-27基因SNP在不同種族人群的差異，為與IL-27基因相關疾病等方面的研究提供相關資料。

1　對象與方法

1.1研究對象選擇2012年1～8月間在右江民族醫(yī)學院附屬醫(yī)院進行常規(guī)檢查的150名健康者作為研究對象。納入標準:無可查親緣關系;在廣西長期居住(時間＞10年)，籍貫均為廣西，民族均為壯族。本人無惡性腫瘤史;各項臨床及實驗室檢查指標均正常。其中女性63名，男性87名;年齡25～84歲，平均(52±15)歲。本實驗經(jīng)過右江民族醫(yī)學院附屬醫(yī)院倫理委員會批準，而且受試者對標本采集知情同意。

1.2基因組DNA的提取抽取150名健康受試者肘正中靜脈血2 ml，并用EDTA-K2抗凝;通過改良碘化鈉法提取白細胞基因組DNA，并放入－80℃冰箱保存待用。

1.3PCR反應在NCBI上查找IL-27基因DNA序列，選擇包含位點rs40837的序列，并輸入引物設計軟件 Primer5，得到用于特異性擴增包含位點rs40837的IL-27基因的PCR上下游引物和延伸引物。其中，上游引物序列為:5’-GAGGACCAGAGGGGCTTTCAGT-3’，下游引物序列為:5’-CCCTGATCGGTGGCTTCTTAGC-3’，延伸引物序列為:5’-CCAGCCCCCTGCCCCAGGC-3’。PCR擴增反應體系20 μL，包括:10×PCR反應緩沖液2.0 μL，0.3 mmol/L dNTPs 2.0 μL，上游引物1.0 μL，下游引物1.0 μL，基因組DNA 1.0 μL，HotStar TaqDNA聚合酶1.0 U，體積不足20 μL則使用滅菌雙蒸水補足。PCR反應條件為:94℃，15 min;94℃ ×30 s，60℃×30 s，72℃ ×20 s，總共進行35個循環(huán);72℃×10 min。PCR產(chǎn)物于4℃環(huán)境中保存。

1.4SNaPshot SNP分型技術(shù)PCR產(chǎn)物使用外切酶Ⅰ和蝦堿酶進行純化，然后采用ABI公司的SNaPshot Multiplex kit進行延伸反應。延伸產(chǎn)物經(jīng)過蝦堿酶純化后在ABI 3130XL上樣。SNP分型使用Gene Mapper 4.0(Applied biosystems)進行分析。

1.5統(tǒng)計學方法根據(jù)測序結(jié)果計算IL-27基因位點rs40837的基因型和等位基因型頻率，查詢Hap-Map上公布的中國北京人群、日本人群、歐洲人群及非洲人群的基因型和等位基因型頻率，用SPSS 19.0軟件進行分析，計數(shù)資料以百分比(%)表示，采用χ2檢驗，檢驗水準:α=0.05。

2　結(jié)　果

2.1IL-27基因位點rs40837的檢測結(jié)果包含IL-27基因位點rs40837的PCR擴增產(chǎn)物片段大小為165 bp。根據(jù)ABI 3130XL的SNP分型結(jié)果顯示，rs40837位點有GG、GA和AA三種基因型，其基因分型結(jié)果如圖1所示。

2.2廣西壯族人群中IL-27基因多態(tài)性的分布

IL-27基因rs40837位點的GA基因型在廣西壯族人群中最常見，約為45.4%，且A等位基因頻率最高，約為60.0%。通過χ2檢驗，150份樣本男女性之間IL-27基因rs40837位點基因型和等位基因型頻率的差異無統(tǒng)計學意義(P＞0.05)。見表1。

2.3與其他人群IL-27基因多態(tài)性的比較廣西壯族人群IL-27基因rs40837位點基因型與歐洲人群及中國北京人群相比差異無統(tǒng)計學意義(P＞0.05)，而與日本人群和非洲人群相比差異有統(tǒng)計學意義(P＜0.05);其等位基因型頻率與歐洲人群相比差異無統(tǒng)計學意義(P＞0.05)，而與中國北京人群、日本人群和非洲人群相比差異有統(tǒng)計學意義(P＜0.05)。見表2。

圖1　IL-27基因rs40837位點SNP分型結(jié)果

表1　廣西壯族人群中rs40837位點的分布［n(%)］

表2　廣西壯族人群與不同人群IL-27rs40837位點多態(tài)性的比較［n(%)］

3　討　論

IL-27是一種新發(fā)現(xiàn)的抗/親炎因子，在免疫反應和腫瘤的發(fā)生發(fā)展中具有重要的調(diào)節(jié)作用，其基因位于第16對染色體短臂上(16p11)，具有4個內(nèi)含子和5個外顯子。

據(jù)相關研究證實，IL-27基因單核苷酸多態(tài)性位點與疾病的發(fā)生發(fā)展有密切關系。黃娜等人［4］應用聚合酶鏈反應－限制性片段長度多態(tài)性分析方法(PCR-RFLP)，檢測166名健康對照者和190例慢性阻塞性肺疾病患者IL-27位點基因型多態(tài)性，發(fā)現(xiàn)IL-27-964A/G基因型和等位基因型頻率在健康對照者和慢性阻塞性肺疾病患者之間有顯著差異，IL-27在慢性阻塞性肺疾病的發(fā)展中可能起到了一定的作用。郭俊宇等［5］通過 PCR-RFLP對 IL-27基因-964A/G、2905T/G單核苷酸多態(tài)性進行基因分型，同時用SHEsis軟件分析IL-27基因的連鎖不平衡及單倍型頻率，發(fā)現(xiàn)IL-27基因-964G/2905G單倍型和-964A/G多態(tài)性與大腸癌的發(fā)病相關，而且-964G等位基因或許是大腸癌的遺傳易感基因。林孝怡等［6］以145例漢族克羅恩病患者和238名正常人作為觀察對象，并采用聚合酶鏈反應-連接酶檢測病例組和對照組的基因分型，分析其基因型頻率及等位基因型頻率，結(jié)果發(fā)現(xiàn) IL-27基因多態(tài)性位點rs153109可能與克羅恩病易感性有關，但未發(fā)現(xiàn)rs17855750和rs181206多態(tài)性與克羅恩病有相關性。

本研究利用SNaPshot SNP分型技術(shù)檢測150名廣西人壯族IL-27基因位點rs40837的基因型及等位基因型頻率，并對比HapMap上公布的中國北京人群、日本人群、歐洲人群和非洲人群的SNP分型數(shù)據(jù)，分析五個人群的IL-27基因位點rs40837的基因型和等位基因型頻率差異。結(jié)果顯示，廣西壯族人群IL-27基因位點rs40837的基因型頻率男女組間比較無統(tǒng)計學意義，說明這兩個位點的基因型分布可能與性別無關。其基因型與歐洲人群和中國北京人群相比無統(tǒng)計學意義，而與日本人群和非洲人群相比有統(tǒng)計學意義;其等位基因型頻率與歐洲人群相比無統(tǒng)計學意義，而與中國北京人群、日本人群和歐洲人群比較有統(tǒng)計學意義。說明此位點可能在廣西壯族人群與歐洲人群和中國北京人群之間不存在差異，在非洲人群和日本人群之間存在明顯差異，但不排除由于本實驗研究對象數(shù)量不足對結(jié)果造成的影響。

本研究通過實驗詮釋了廣西壯族人群IL-27基因位點rs40837的基因型和等位基因型頻率與性別的關系以及與歐洲人群、非洲人群、中國北京人群和日本人群之間是否存在差異。研究結(jié)果提供了廣西壯族人群IL-27基因位點rs40837存在多態(tài)性分布，通過對比分析不同人種IL-27基因的SNP并發(fā)現(xiàn)了差異，為IL-27相關疾病的研究提供了相關資料。

［1］Wang OC，Huang GL，Yang F，et al.IL-27 rs153109 polymorphism increases the risk of colorectal cancer in Chinese Han population［J］.Onco Targets Ther，2015(8): 1493-1497.

［2］Xu XP，Hua LY，Chao HL，et al.Genetic association between IL-27 rs153109 polymorphism and cancer risk in Chinese population:a meta-analysis［J］.J Recept Signal Transduct Res，2014，Nov 26:1-6.［Epub ahead of print］.

［3］單元春，崔善，田國賀，等.IL-27p28基因多態(tài)性與中國朝鮮族人群哮喘的相關性［J］.中國生物制品學雜志，2011，24(4):435-438.

［4］黃娜，姜軼，楊帆，等.IL-27基因多態(tài)性與慢性阻塞性肺疾病相關性的研究［J］.臨床肺科雜志，2015，20(3):456-458.

［5］郭俊宇，覃安強，李如錕，等.白細胞介素-27的基因多態(tài)性與大腸癌的遺傳易感性之間的相關性研究［J］.重慶醫(yī)學，2012，41(10):948-950.

［6］林孝怡，王正廷，鐘捷，等.白介素27基因多態(tài)性與克羅恩病的相關研究［J］.內(nèi)科理論與實踐，2013，8 (4):275-278.

(編輯:潘明志)

A study on the metamorphism of IL-27 gene locus rs40837 in Zhuang population in Guangxi

WEI Baobin1，CHEN Huatai1，QIN Yongdou2，CHEN Shanping1，XU Chong1，WEI Guijiang3，TANG Yujin3，WANG Junli3▲
(1.Undergraduate of Medical Laboratory Technology of Grade 2013 in Laboratory Medicine College，2.Undergraduate of Health Inspection and Quarantine of Grade 2014 in Laboratory Medicine College，3.Affiliated Hospital，Youjiang Medical University for Nationalities，Baise 533000，China)

ObjectiveTo analyze distribution frequency of genotype and allele of interleukin-27(IL-27)single nucleotide polymorphism(SNP)locus rs40837 of Zhuang population in Guangxi，and to analyze distribution differences among different races.MethodsSNaPshot SNP typing technology was used to test IL-27 gene SNP locus rs40837 genotypes in 150 cases of Zhuang population in Guangxi，and the above-mentioned rs40837 genotypes was compared to SNP typing data from four populations(Europe，Africa，Japan，and Beijing)on the international human genome haplotype map(HapMap).And then，differences between IL-27 gene SNP locus rs40837 genotype and allele frequencies among the above-mentioned five groups were analyzed.ResultsIL-27 gene SNP locus rs40837 genotype of Zhuang population in Guangxi was not related to gender.There was no statistically significant difference in IL-27 gene rs40837 genotype between Zhuang population，European population and Beijing population in China(P＞0.05)，but there was statistically significant difference when comparing with that of Japanese and African populations(P＜0.05).Difference of allele frequency of IL-27 gene rs40837 was not statistically significant compared with that of European population(P＞0.05)，but it was statistically significant compared with Beijing popula-tion in China，Japanese population and the African populations(P＜0.05).ConclusionThere may be difference between IL-27 gene SNP locus rs40837 genotypes and allele distribution frequencies of Zhuang population in Guangxi and those of populations in other areas，and this difference may lead to differences in the incidence and clinical manifestations of certain diseases in different regions.

interleukin-27;single nucleotide;genotype;polymorphism;race

R394

ADOI:10.3969/j.issn.1003-1383.2016.03.003

國家自然科學基金資助項目(81541136)

韋寶斌，男，醫(yī)學檢驗技術(shù)本科在讀。E-mail:769245239@qq.com
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王俊利。E-mail:baisewangjunli@163.com

2016－03－23

2016－06－19)