珠江所發(fā)布首個(gè)黃喉擬水龜染色體水平基因組圖譜

近日，珠江水產(chǎn)研究所龜鱉遺傳創(chuàng)新團(tuán)隊(duì)在黃喉擬水龜染色體水平基因組精細(xì)圖譜繪制方面取得新進(jìn)展。相關(guān)研究論文“Chromosomelevel genome assembly of Asian yellow pond turtle(Mauremysmutica)with temperaturedependent sex determination system”發(fā)表于ScientificReports上。珠江所劉曉莉?yàn)樵撜撐牡谝蛔髡?，朱新平研究員為通信作者。

黃喉擬水龜(Mauremysmutica)俗稱石龜、石金龜，具有較高的食用、藥用和觀賞價(jià)值。主要分布在我國(guó)的華東、華南地區(qū)以及越南和日本，是我國(guó)重要的大宗淡水養(yǎng)殖龜類。該團(tuán)隊(duì)通過(guò)PacBio三代測(cè)序、Hi-C輔助組裝、全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組輔助注釋等技術(shù)深入解析了黃喉擬水龜基因組精細(xì)圖譜，這是黃喉擬水龜?shù)谝粋€(gè)染色體水平的基因組。通過(guò)測(cè)序，獲得了280.42 Gb clean data，覆蓋率達(dá)到119X，組裝后的基因組大小為2.23 Gb，contig N50為8.53 Mb，scaffold N50為141.98 Mb。通過(guò)Hi-C輔助組裝獲得了26條染色體。比較基因組學(xué)分析表明，蜥蜴-蛇-楔齒蜥分支與鳥-鱷-龜分支在283.1—320.5 mya發(fā)生了分化。此外，與鈣信號(hào)、神經(jīng)活性配體-受體相互作用和激素信號(hào)通路的擴(kuò)展相關(guān)的基因和基因家族受到了正選擇，表面它們可能在黃喉擬水龜?shù)男詣e調(diào)節(jié)中發(fā)揮了重要作用?；蚪M的解析為進(jìn)一步闡明黃喉擬水龜生物遺傳變異與分子進(jìn)化的遺產(chǎn)基礎(chǔ)及遺傳育種與品種改良提供了基礎(chǔ)。

(來(lái)源：珠江水產(chǎn)研究所)