于 玲,張 娜,張 野
(1.盤錦精細化工產(chǎn)業(yè)園區(qū)管理委員會,遼寧盤錦 124000;2.燕山大學材料科學與工程學院,河北秦皇島 066004)
溶劑化自由能理論計算方法研究進展
于 玲1,張 娜2,張 野1
(1.盤錦精細化工產(chǎn)業(yè)園區(qū)管理委員會,遼寧盤錦 124000;2.燕山大學材料科學與工程學院,河北秦皇島 066004)
連續(xù)介質(zhì)模型是一種計算溶劑化自由能快速而有效的方法。闡述了溶劑化自由能理論計算的研究進展。
連續(xù)介質(zhì)模型;溶劑化自由能;理論計算
連續(xù)介質(zhì)模型是一種應用廣泛的處理溶劑效應的溶劑化模型。因為該模型將溶劑處理為連續(xù)化效應,溶劑分子完全忽略,因此可以容易的將溶劑中電子和結構的靜電相互作用項,通過量子力學方法加以考慮。下面主要介紹Born 與Onsager的連續(xù)溶劑模型及常用的兩種簡化模型。
Born在1920年及Onsager在1936年,分別提出的理論模型為研究溶劑效應作出了重要的貢獻。利用此簡單的模型,導出溶劑化自由能中靜電作用部分的貢獻。而Onsager模型是將Born的理論推廣至電偶極在球形的空穴中進行計算。
在Born模型中,離子的Gelec的計算是將離子由真空轉(zhuǎn)移至溶劑介質(zhì)中所需要做的功。該值等于在兩種環(huán)境下,帶電離子所做的靜電功的差。Born模型雖然簡單但計算離子時十分有效。
Born的模型僅適用于帶電荷的物種,而Onsager的電偶極模型則具有普適性,可計算更多種類分子。溶質(zhì)分子在空穴中的電偶極與其周圍介質(zhì)誘發(fā)另一電偶極,以致在空穴中產(chǎn)生誘發(fā)電場(稱為反應場,reaction field)。反應場與溶質(zhì)分子電偶極的作用增加了系統(tǒng)的穩(wěn)定性。
表面加和模型是一種最簡單的連續(xù)介質(zhì)模型。這種方法的基本思想,就是溶質(zhì)分子在某種溶液中的溶劑化自由能,可以由不同的基團對溶劑化自由能貢獻的加和得到。而且這種方法還認為,位于溶質(zhì)內(nèi)部基團的貢獻是很小的,而只有那些位于溶質(zhì)分子表面的基團才會對溶劑化自由能有重要的影響。
泊松-玻耳茲曼方法的基礎是靜電學中的泊松方程,通過玻耳茲曼分布函數(shù)來考慮統(tǒng)計效應,得到的方程稱為泊松-玻耳茲曼方程(Poisson-Boltzmann equation,簡稱PB方程),通過求解PB方程,來計算溶劑化自由能的靜電部分。
程耗時較多。于是人們希望能找到一種方法,這種方法可以不像PB方法那樣精確,但是計算量要小得多。正是基于此點,Still1等發(fā)展了普適玻恩模型方法(GB)。GB方法核心問題就是計算離子有效玻恩半徑,有效玻恩半徑不但與離子自身的范德華半徑有關,而且與化學環(huán)境有關,因此不能由簡單的經(jīng)驗公式賦值得到。楊等[2]利用浮動電荷模型對該方法進行了進一步發(fā)展,計算出的小分子溶劑化自由能與實驗值非常接近。
除了上述介紹的幾種計算溶劑化自由能的方法之外,還有模型多極矩展開方法,極化的連續(xù)介質(zhì)模型,SMx系列溶劑化模型等等。
模型多極矩展開法是在偶極矩的基礎上發(fā)展起來的。其基本觀點是把分子處理成一個簡單的偶極矩。
極化的連續(xù)介質(zhì)模型(polarized continuum model,PCM)考慮溶質(zhì)分子引起的感生電荷,這些電荷分布在溶劑空穴表面。溶劑化自由能中的空穴能部分。范德華相互作用能部分用原子的溶劑可及表面來描述。
SMx系列溶劑化模型3是明尼蘇達大學Truhlar教授的課題組開發(fā)的一系列溶劑化模型。它把GB模型結合到半經(jīng)驗量子化學方法中去,并且考慮了第一水合層效應。對第一水合層的考慮是SMx系列溶劑模型的特色。
連續(xù)介質(zhì)模型具有以下幾種優(yōu)點:第一,連續(xù)介質(zhì)模型可以不用考慮在顯示溶劑模型中常見的采樣問題,因為連續(xù)介質(zhì)模型描述了溶劑的統(tǒng)計平均性質(zhì)。第二,連續(xù)介質(zhì)模型不需要考慮溶劑分子的數(shù)量問題,這樣就不會像顯示溶劑模型那樣由于溶劑分子的差別帶來誤差。第三,連續(xù)介質(zhì)模型在處理一定范圍內(nèi)的靜電相互作用時,不需要再定義截斷值。首先,連續(xù)介質(zhì)模型將溶劑分子完全忽略,因此,許多有用的性質(zhì)不能通過連續(xù)介質(zhì)模型得到。其次,在應用連續(xù)介質(zhì)模型時,自由能中焓部分和熵部分的分離非常困難。但是,由于其處理大分子不需大量溶劑分子所帶來的計算量的問題,所以在適當時候也是處理溶劑效的有效方法。
[1]Still WC,Tempczyk A,Hawley RC,Hendrickson T.J Am Chem Soc,1990,(112):6127-6129.Orozco.
[2]Zhao DD,Yu L,Gong LD,Liu C,Yang ZZ.J.Chem.Phys,2011,(134):194115(1-14).
[3]Cramer CJ,Truhlar DG.Acc Chem Res,2008,(41):760-768.
Research Progress on Theoretical Calculation Method of Solvation Free Energy
Yu Ling,Zhang Na,Zhang Ye
The continuous medium model is a fast and effective method to calculate the free energy of solvation.the research progress on the theoretical calculation of the solvation free energy is described.
continuous medium model;solvation free energy;theoretical calculatio
O561
A
1003–6490(2016)04–0160–01
PB方法已經(jīng)被證明對很多體系能夠比較準確的預測它們的溶劑化自由能,但是對于生物大分子體系而言,求解PB方
2016–04–11
本文感謝國家自然科學基金項目(21473083)支持。
于玲(1981—),女,山東煙臺人,工程師,主要研究方向為物理化學。