張 正, 連靈燕, 王高鴻, 杜艷偉, 李顏方, 趙晉鋒*
1.山西省農(nóng)業(yè)科學(xué)院谷子研究所,山西 長治 046011;
2.山西省長治市城區(qū)農(nóng)林委員會,山西 長治 046011
種子是農(nóng)業(yè)生產(chǎn)的根本,關(guān)系著農(nóng)業(yè)增產(chǎn)、農(nóng)民增收和農(nóng)村發(fā)展的實(shí)現(xiàn)。傳統(tǒng)的育種方法在作物增產(chǎn)和品質(zhì)改良上取得過巨大的成就,但是由于受生物隔離和基因連鎖等的制約,已經(jīng)不能滿足現(xiàn)今快速發(fā)展的育種需要。分子標(biāo)記以DNA為表現(xiàn)形式遍及整個基因組,數(shù)量極多,在生物的各個部分均可檢測到,且不受發(fā)育階段和環(huán)境限制。自然界植物群體中存在有大量的等位變異,而分子標(biāo)記可檢測的變異位點(diǎn)幾乎是無限的,且多態(tài)性高。分子標(biāo)記技術(shù)現(xiàn)在已廣泛應(yīng)用于玉米雜種優(yōu)勢群的劃分、品種純度和真實(shí)性檢測、功能基因定位、遺傳多樣性分析以及構(gòu)建植物遺傳生理圖譜等多個方向,為玉米育種工作提供更加快捷、準(zhǔn)確、高效的指導(dǎo)工作。
20世紀(jì)80年代分子標(biāo)記技術(shù)開始得到應(yīng)用[1]。分子標(biāo)記以個體間遺傳物質(zhì)內(nèi)的DNA序列變異為研究對象,是遺傳多態(tài)性在基因水平上的直接反映。廣義的分子標(biāo)記指可遺傳的并可檢測的核苷酸序列和蛋白質(zhì),狹義的分子標(biāo)記僅指DNA序列。
經(jīng)過多年發(fā)展,DNA標(biāo)記技術(shù)已達(dá)幾十種,主要分為:①基于分子雜交的分子標(biāo)記。這類標(biāo)記先通過限制性內(nèi)切酶和凝膠電泳提取DNA分子,然后再與特異探針雜交,最后通過非同位素顯色技術(shù)或放射性自顯影技術(shù)檢測DNA的多態(tài)性,主要有RFLP和VNTR兩種。②基于PCR技術(shù)的指紋分子標(biāo)記。這類標(biāo)記是指以傳統(tǒng)的PCR技術(shù)為基礎(chǔ),通過改進(jìn)引物等方法,改良而來的PCR技術(shù)。根據(jù)引物的選擇方式可以分為非特異引物的PCR標(biāo)記和特異引物的PCR標(biāo)記,前者主要包括DAF、AP-PCR和RAPD等;后者主要有 SRAP、SSR、SPAR、SSCP、SCAR、ddF、DAMD、ISTR、IFLP、RAMPO、RFLP-PCR 和 STS 技術(shù)等。③基于限制性酶切和PCR技術(shù)的分子標(biāo)記。該技術(shù)是利用限制性內(nèi)切酶可以切割特異的雙鏈DNA序列的特性,結(jié)合PCR技術(shù)演變而來的一種分子標(biāo)記技術(shù)。根據(jù)酶切對象的不同分為AFLP和CAPS。④基于DNA芯片技術(shù)的分子標(biāo)記技術(shù)。該技術(shù)是將大量探針分子固定于支持物上,然后與樣品進(jìn)行分子雜交,再通過檢測雜交信號強(qiáng)度,獲得關(guān)于樣品分子的基因序列和基因數(shù)量。主要有SNP標(biāo)記和InDel標(biāo)記技術(shù)。
隨著玉米基因組序列測序的完成、玉米高密度遺傳圖譜和物理圖譜的構(gòu)建,使分子標(biāo)記技術(shù)在玉米育種工作中得到更廣泛的應(yīng)用。目前在玉米育種工作中,分子標(biāo)記技術(shù)己被廣泛應(yīng)用于品種純度和真實(shí)性檢測、分析遺傳多樣性、定位功能基因、劃分雜種優(yōu)勢群以及轉(zhuǎn)基因檢測等方面。
品種鑒定包括品種真實(shí)性和種子純度兩個方面。品種鑒定的方法經(jīng)歷了兩大歷程:傳統(tǒng)鑒定和現(xiàn)代鑒定。傳統(tǒng)品種鑒定技術(shù)包括形態(tài)鑒定、物理特性鑒定、化學(xué)特性鑒定、細(xì)胞學(xué)性狀鑒定和生理指標(biāo)鑒定。現(xiàn)代鑒定技術(shù)包括蛋白質(zhì)指紋圖譜和DNA分子標(biāo)記鑒定。每種鑒定方法在相應(yīng)的歷史時(shí)期都為品種鑒定做出了巨大貢獻(xiàn),但受技術(shù)的先天缺陷(如多態(tài)性差、鑒定周期長、費(fèi)用高等)制約,大部分鑒定方法因難以滿足純度等方面的需求(快速、準(zhǔn)確、自動、綜合),漸漸退出了歷史舞臺。目前在品種鑒定中使用最廣泛的方法是DNA分子標(biāo)記技術(shù),該技術(shù)可以鑒別表型上難以辨別的品種,能滿足目前的鑒定要求。常用的DNA分子標(biāo)記技術(shù)包括:RFLP、RAPD、AFLP、InDel、SSR 和 SNP。
李保軍等[2]利用測得品種的性狀與AFLP分析結(jié)果進(jìn)行比較,記錄各性狀的特異性位點(diǎn),建立了玉米DUS測試AFLP數(shù)據(jù)庫,可應(yīng)用于新品種的測試。李雪等[3]研究表明SSR和SNP兩種標(biāo)記在數(shù)據(jù)完整性、區(qū)分品種能力和位點(diǎn)穩(wěn)定性等方面差別較小。宋偉等[4]從公共數(shù)據(jù)庫篩選出48個玉米核心SNP位點(diǎn),研究發(fā)現(xiàn)42個SNP位點(diǎn)的基因分型數(shù)據(jù)信息可以將105份自交系材料區(qū)分開。羅黎明等[5]通過對 RAPD、RFLP、SSR和AFLP等分子標(biāo)記技術(shù)在種子純度鑒定和品種真實(shí)性檢測中的應(yīng)用進(jìn)行了比較,研究發(fā)現(xiàn),SSR分子標(biāo)記技術(shù)是目前最適宜檢測品種真實(shí)性和種子純度的技術(shù)。張?bào)w付等[6]以B73和Mo17基因組序列信息為背景,采用InDel標(biāo)記對6個玉米雜交種的親本及其F1代雜交種進(jìn)行了檢測,開發(fā)了143個代表基因的功能性InDel標(biāo)記,研究發(fā)現(xiàn)13個共顯性InDel標(biāo)記可準(zhǔn)確鑒定6個雜交種的純度。
遺傳多樣性又稱基因多樣性,是生物多樣性的重要組成部分,也是物種分化和生命進(jìn)化的基礎(chǔ)。遺傳多樣性可以分為廣義遺傳多樣性(地球上生物所攜帶的各種遺傳信息的總和)和狹義的遺傳多樣性(生物種內(nèi)的遺傳變異),多樣性的高低決定了族群對于環(huán)境適應(yīng)的能力。多樣性的檢測對象經(jīng)歷了形態(tài)、細(xì)胞(染色體)、生理生化指標(biāo)和基因4個水平的發(fā)展歷程。目前使用的分子檢測技術(shù)主要有:RFLP、AFLP、RAPD、ISSR、TRAP、SNP和SSR。
田松杰等[7]對50個有代表性的玉米及其野生近緣種使用AFLP進(jìn)行了遺傳關(guān)系分析,將50個材料分為3大類。姚正培[8]利用RAPD標(biāo)記技術(shù),結(jié)合7份已知系譜來源的玉米自交系對14份未知系譜來源的玉米自交系進(jìn)行遺傳多樣性分析,篩選出14個RAPD隨機(jī)引物可對21份材料擴(kuò)增出多態(tài)性條帶。劉永忠等[9]利用ISSR標(biāo)記技術(shù),對10個不同玉米絲黑穗病抗性自交系進(jìn)行了多態(tài)性分析,研究發(fā)現(xiàn),不同玉米絲黑穗病抗性背景自交系中具有較高的多態(tài)性。van Liet等[10]利用ISSR分子標(biāo)記對從老撾北部山區(qū)和越南收集的21份玉米種質(zhì)材料進(jìn)行遺傳多樣性分析,21份玉米種質(zhì)材料被分為3大類,并建立了玉米種質(zhì)材料系統(tǒng)樹。王寒玉等[11]使用ISSR技術(shù)對40份玉米自交系的親緣關(guān)系進(jìn)行聚類分析,結(jié)果表明40份玉米自交系大部分與自交系的譜系相符合。祁麗婷等[12]利用ISSR對40個山西主要玉米品系的自交系進(jìn)行了遺傳多樣性分析,將供試種質(zhì)材料分為5個類群。吳金鳳[13]利用40對SSR熒光標(biāo)記引物和1 041個SNP位點(diǎn),構(gòu)建了72份國內(nèi)常用玉米自交系的指紋數(shù)據(jù)庫,并進(jìn)行了遺傳多樣性劃分。袁力行等[14]對15個玉米自交系使用RFLP、SSR、AFLP和RAPD 4種方法分析了遺傳多樣性。張麗等[15]利用24對TRAP引物分析了16個玉米自交系的遺傳多樣性,研究發(fā)現(xiàn)TRAP標(biāo)記可用于玉米種質(zhì)遺傳多樣性研究。
雜種優(yōu)勢是指雜交種通過繼承其父本和母本的不同優(yōu)勢,可能獲得一個更好的生物特性。雜種優(yōu)勢通常表現(xiàn)為雜合體在一種或多種性狀上優(yōu)于兩個親本的現(xiàn)象。群體劃分的方法經(jīng)歷了系譜法、地理差異法、配合力高低法、生物化學(xué)法和分子標(biāo)記法的演變[16]。由于種質(zhì)資源廣泛和頻繁的交流、血統(tǒng)不明自交系的使用、人工選擇、基因漂移和性狀受環(huán)境影響等因素的影響,近年來系譜法等群體劃分的方法逐漸被分子標(biāo)記法替代。分子標(biāo)記技術(shù)發(fā)展至今已有數(shù)十種,群體劃分中常用的分子標(biāo)記法主要有:RFLP、AFLP、RAPD、SNP和SSR。
Lee等[17]利用 RFLP標(biāo)記構(gòu)建了雜種優(yōu)勢群,Dubreuil等[18]利用 RFLP標(biāo)記技術(shù)劃分了玉米自交系的雜種優(yōu)勢群,發(fā)現(xiàn)結(jié)果與系譜分析結(jié)果基本一致。黃益勤等[19]采用54個玉米RFLP探針和3種限制性內(nèi)切酶對我國南方常用的41份自交系和美國4份代表主要玉米雜種優(yōu)勢群的自交系進(jìn)行了多態(tài)性分析,通過聚類分析將供試材料劃分為6大類群。廖勇等[20]用AFLP分子標(biāo)記技術(shù)對49個自交系進(jìn)行了玉米雜種優(yōu)勢群劃分,研究表明AFLP分子標(biāo)記具有更強(qiáng)的多態(tài)性,可為建立雜種優(yōu)勢模式提供指導(dǎo)。崔月[21]用AFLP分子標(biāo)記技術(shù)以8份玉米自交系為材料,用20對引物組合進(jìn)行遺傳距離研究,把8個自交系分為4個大群。景建洲等[22]以RAPD技術(shù)對玉米10個品種的全基因組DNA進(jìn)行PCR擴(kuò)增,將10個玉米品種劃分為3個類群。彭忠華等[23]利用RAPD標(biāo)記對中單340、自330、7922、蘇37、449、黃早四和適應(yīng)我國喀斯特高海拔山區(qū)的玉米骨干自交系進(jìn)行遺傳多樣性和雜種優(yōu)勢群劃分,將適合我國喀斯特高海拔山區(qū)玉米種質(zhì)資源的16個骨干自交系劃分為5個類群。邱紅波等[24]利用RAPD技術(shù)將36個玉米自交系劃分為6大類,SSR分子標(biāo)記將其劃分為5大類,研究表明,RAPD、SSR兩種分子標(biāo)記系統(tǒng)均適合于玉米種質(zhì)的遺傳多樣性研究,但SSR更可取。丁孝營等[25]采用RAPD技術(shù),用16個引物將13個玉米自交系和遺傳改良系分為7個類群。吳金鳳[13]利用SSR和SNP分子標(biāo)記方法將72份自交系劃分為7個雜種優(yōu)勢群,分別是瑞德群、改良瑞德群、蘭卡斯特群、旅大紅骨群、塘四平頭群、P群和糯質(zhì)群。鄭璐璐[26]使用SNP標(biāo)記技術(shù),將58個玉米自交系分成6個類群。張偉瑋等[27]用SSR分子標(biāo)記技術(shù),使用70對引物將116份供試材料劃分為5個種質(zhì)類群。李娟[28]選用了52份遺傳背景有差異的甜玉米自交系材料,用表型聚類和SSR聚類兩種方法,對其進(jìn)行了類群劃分,通過兩種聚類分析,均將52份親本材料分為4大類,得到的聚類結(jié)果基本吻合,與供試材料的系譜來源基本一致,但也存在不一致的個體。
廣義的基因定位是指基因所屬連鎖群或染色體以及基因在染色體上的位置的測定。狹義的基因定位僅指基因在染色體上的位置的測定。目前,根據(jù)基因控制的性狀,通常把功能基因劃分為兩大類:質(zhì)量性狀基因(如器官顏色、芒或絨毛的有無和抗逆性等)和數(shù)量性狀基因(如生長期、品質(zhì)、產(chǎn)量和育性基因等)。分子標(biāo)記技術(shù)可以在早期對目的基因進(jìn)行輔助選擇,提高育種效率。功能基因定位中,常用到的分子標(biāo)記技術(shù)有STS、AFLP、SNP、SSR、SCAR 和 RFLP 等。
馬俠[29]用設(shè)計(jì)的引物I-2和引物Ⅱ-4對34個抗病自交系和20個感病自交系進(jìn)行驗(yàn)證,研究發(fā)現(xiàn)STS標(biāo)記I-2和STS標(biāo)記Ⅱ-4與自交系感抗病的相關(guān)性都達(dá)到極顯著水平。結(jié)果表明STS標(biāo)記I-2和STS標(biāo)記Ⅱ-4可以直接應(yīng)用于玉米抗粗縮病的分子標(biāo)記輔助育種中。宋欣[30]使用AFLP分子標(biāo)記技術(shù)建立了玉米雙低頻酶cDNAAFLP技術(shù)體系,并運(yùn)用于玉米穗數(shù)性狀相關(guān)基因的差異表達(dá)研究。李蕾娜[31]使用改進(jìn)的單酶切cDNA-AFLP標(biāo)記技術(shù),分離出玉米對生性狀相關(guān)基因差異表達(dá)片段。趙靖[32]通過9個與磷脅迫直接相關(guān)的基因片段,對玉米cDNA文庫進(jìn)行分析后獲得了9個玉米相關(guān)基因的全長cDNA序列。馬駿等[33]通過 SNP基因芯片(56 110個SNP)對A619感、A619Ht3抗玉米大斑病近等基因系進(jìn)行分析,采用生物信息學(xué)和比較基因組學(xué)方法進(jìn)行顯著SNP位點(diǎn)候選基因篩查和功能預(yù)測,研究發(fā)現(xiàn)38個SNP被確定與大斑病抗性相關(guān)。鄭德波等[34]研究發(fā)現(xiàn),廣西南寧和湖北武漢兩種環(huán)境條件下共定位到21個株高QTL和27個穗位高QTL。李凱[35]利用30對SSR引物對選取的 2 個 F2群體的 P1、P2、F1、F2單株進(jìn)行 PCR擴(kuò)增,對篩選出的多態(tài)性引物進(jìn)行驗(yàn)證,篩選出了4個玉米花期相關(guān)性狀的主效 SSR標(biāo)記。徐黨[36]利用分布在玉米10條染色體上的115對SSR標(biāo)記對172份玉米自交系的遺傳多樣性進(jìn)行了分析,研究發(fā)現(xiàn)172份玉米自交系可分為5個亞群,21個SSR標(biāo)記與10個產(chǎn)量性狀相關(guān)聯(lián),總位點(diǎn)數(shù)為42個;其中4個位點(diǎn)與穗行數(shù)相關(guān)聯(lián),與行粒數(shù)和粒重相關(guān)聯(lián)的均為5個位點(diǎn),7個位點(diǎn)與穗重相關(guān)聯(lián),與穗長、禿尖長、穗粗、軸粗關(guān)聯(lián)的位點(diǎn)均為3個,與出籽率相關(guān)聯(lián)的位點(diǎn)僅有1個。石紅良[37]采用SSR和SCAR標(biāo)記定位了玉米抗絲黑穗病的6個主效QTL連鎖標(biāo)記。曹永國等[38]使用RFLP標(biāo)記技術(shù)研究了自交系5003的致矮作用,發(fā)現(xiàn)了5個QTL。樂素菊等[39]利用3個SNP位點(diǎn)中的103(A/G)位點(diǎn)進(jìn)行等位基因特異PCR,成功地鑒定了超甜玉米自交系的基因型,建立了通過等位基因特異PCR輔助篩選bt2基因的平臺。
隨著分子生物學(xué)的發(fā)展,轉(zhuǎn)基因技術(shù)被越來越多的應(yīng)用于玉米品質(zhì)改良研究中,對轉(zhuǎn)基因的安全性,現(xiàn)階段還存在很大的爭議,因此,轉(zhuǎn)基因檢測就顯得尤為重要。同時(shí),轉(zhuǎn)基因檢測也可以提前檢驗(yàn)轉(zhuǎn)基因育種的結(jié)果,提高育種效率。轉(zhuǎn)基因檢測的方法依據(jù)檢測內(nèi)容可分為蛋白表達(dá)產(chǎn)物檢測和核酸序列檢測。蛋白表達(dá)產(chǎn)物檢測主要有:Elisa檢測技術(shù)和試紙條檢測技術(shù)。蛋白質(zhì)表達(dá)產(chǎn)物檢測只能檢測未變性的蛋白質(zhì),檢測受較多限制。核酸序列檢測主要有:PCR檢測技術(shù)(定性 PCR檢測和Real-time熒光定量 PCR檢測)、核酸等溫?cái)U(kuò)增檢測技術(shù)(環(huán)介導(dǎo)的等溫?cái)U(kuò)增技術(shù)和依賴核酸序列的擴(kuò)增技術(shù)等)、基因芯片檢測技術(shù)、高通量測序技術(shù)、生物傳感器技術(shù)和毛細(xì)管電泳技術(shù)等?,F(xiàn)階段轉(zhuǎn)基因檢測還是以PCR檢測技術(shù)為主。
王世偉等[40]使用59條 RAPD引物,對高粱基因組DNA和導(dǎo)入前后的玉米基因組總DNA擴(kuò)增,研究發(fā)現(xiàn),其中9條引物檢測出后代和原種間存在差異,并在4個玉米自交系檢測出高粱的DNA。周琳華等[41]以轉(zhuǎn)基因玉米MON810為模板,建立了環(huán)介導(dǎo)的等溫?cái)U(kuò)增技術(shù)(loop-mediated isothermal amplification,LAMP)檢測體系。張麗[42]通過定量 PCR技術(shù),完善了轉(zhuǎn)基因檢測基體標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)研制技術(shù)和轉(zhuǎn)基因檢測質(zhì)粒標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)制備技術(shù)并且完成了轉(zhuǎn)基因篩查策略研究。張廣遠(yuǎn)[43]以轉(zhuǎn)基因玉米MIR162、BVLA430101、MON88017,轉(zhuǎn)基因大豆 MON89788、GTS40-3-2,轉(zhuǎn)基因油菜MS1、RF1為研究對象,建立了上述7種轉(zhuǎn)基因品系的基因芯片檢測方法。
分子生物學(xué)的深入研究以及與傳統(tǒng)育種學(xué)的相互參透、相互融合,使分子標(biāo)記技術(shù)在作物育種工作的作用越來越大,并逐漸成為育種工作中的一個強(qiáng)大支柱。但是兩個學(xué)科的融合和應(yīng)用仍存在著一些問題:
第一,分子標(biāo)記在雜種優(yōu)勢群的劃分、模式構(gòu)建、預(yù)測以及優(yōu)勢遺傳機(jī)理的研究等方面均有著廣闊的應(yīng)用前景。但是,由于分子標(biāo)記在雜種優(yōu)勢群體劃分上還處于起步階段,沒有一套完善的標(biāo)準(zhǔn),只能是在傳統(tǒng)劃分上起到一個論證的作用。
第二,分子標(biāo)記技術(shù)已經(jīng)成為品種純度和真實(shí)性檢測方面最主要的檢測方法。但是,由于作物基因組非常龐大以及部分性狀的多基因控制等因素,在生產(chǎn)中對于檢測結(jié)果的確定和認(rèn)可還需要更加明確的界定。
第三,在功能基因定位上,分子標(biāo)記技術(shù)發(fā)揮了巨大作用。但由于實(shí)驗(yàn)條件的限制,定位不夠精確,達(dá)不到應(yīng)用于育種選擇實(shí)踐的效果,而且功能基因在后代中因?yàn)橹亟M而分離,所以目前還沒有分子標(biāo)記育種成功育成新品種的報(bào)道。
第四,分子標(biāo)記技術(shù)成本過高,規(guī)模較小。分子標(biāo)記輔助選擇比表型選擇效果更加明顯,而且不受自然條件的制約,但由于高昂的試驗(yàn)成本,造成規(guī)模較小。
第五,常規(guī)育種方法與分子標(biāo)記技術(shù)聯(lián)系不緊密。分子標(biāo)記技術(shù)盡管已有了巨大的發(fā)展,但是在育種工作中的作用還沒有完全發(fā)揮,大量的研究結(jié)果尚未得到實(shí)踐的充分驗(yàn)證。
第六,轉(zhuǎn)基因技術(shù)在作物育種中的大量使用以及轉(zhuǎn)基因作物中的外源片段越來越豐富等因素,給轉(zhuǎn)化體的鑒定帶來了很大困難。
分子生物學(xué)技術(shù)的快速發(fā)展做到了育種目標(biāo)明確化,加速了玉米育種中品質(zhì)的完善,極大地提高了育種效率,但是育種的最終目的還是要應(yīng)用于生產(chǎn),再先進(jìn)的技術(shù)只有通過生產(chǎn)實(shí)踐的反復(fù)檢驗(yàn)才能證明其功效。所以,要正確認(rèn)識分子標(biāo)記技術(shù)和育種實(shí)踐的關(guān)系,盡量縮短兩者間的距離,加快由實(shí)驗(yàn)室向生產(chǎn)實(shí)踐轉(zhuǎn)化的步伐。另一方面,應(yīng)進(jìn)一步量化各種檢測標(biāo)準(zhǔn),使檢測標(biāo)準(zhǔn)更加具有科學(xué)性和實(shí)用性。完善的檢驗(yàn)標(biāo)準(zhǔn),既是對育種結(jié)果的一種合理評判,又是對市場的尊重,品種審定結(jié)果應(yīng)該更加貼近百姓需求,盡可能的避免審定和生產(chǎn)需求相脫節(jié)。隨著科技的不斷進(jìn)步,未來將會研發(fā)出成本更低、精度更高的分子標(biāo)記技術(shù),在今后的育種工作中發(fā)揮更大的作用。
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