基于克隆測序技術(shù)的人類白細(xì)胞抗原基因高分辨率分型方法的建立

邢曉清　初亞男　項(xiàng)錚　宋沁馨　周國華

摘要運(yùn)用優(yōu)化的擴(kuò)增和克隆測序技術(shù)，建立了人類白細(xì)胞抗原（HLAB）基因的高分辨率分型方法。針對(duì)HLAB基因保守區(qū)序列設(shè)計(jì)引物進(jìn)行等位基因擴(kuò)增，基于質(zhì)粒不相容原理將雜合型等位基因有效克隆入質(zhì)粒DNA中，經(jīng)細(xì)菌培養(yǎng)后進(jìn)行Sanger測序，根據(jù)測序結(jié)果經(jīng)ClustalX2軟件分析和IMTG/HLA數(shù)據(jù)庫的BLAST比對(duì)即可完成HLAB基因的高分辨率分型。利用建立的方法對(duì)7例臨床樣本進(jìn)行了HLAB基因分型，并且與第三方直接堿基序列分析基因分型技術(shù)（PCRSBT）進(jìn)行比對(duì)，結(jié)果完全一致。本方法無需專業(yè)分型軟件，準(zhǔn)確度高，成本低；采用通用引物進(jìn)行等位基因的擴(kuò)增和測序，無需傳統(tǒng)方法中繁瑣的引物設(shè)計(jì)和過程優(yōu)化，實(shí)現(xiàn)了HLAB基因的高分辨率分型。關(guān)鍵詞人類白細(xì)胞抗原B基因； 克隆測序技術(shù)； Sanger測序； 高分辨率基因分型

1引言

人類白細(xì)胞抗原（Human leukocyte antigen，HLA）是由一系列緊密連鎖的基因座位所組成的具有高度多態(tài)性的復(fù)合體，是機(jī)體免疫系統(tǒng)的重要組成部分，在機(jī)體的抗原呈遞和免疫應(yīng)答中發(fā)揮重要作用，與人類疾病的發(fā)生、發(fā)展和預(yù)后密切相關(guān)。HLAB基因位于6號(hào)染色體短臂6p21.3區(qū)域，該基因的多態(tài)性非常復(fù)雜且主要位于第2和第3號(hào)外顯子，第2和第3號(hào)外顯子的總長度約550 bp左右，目前已發(fā)現(xiàn)的近千種基因型絕大多數(shù)是基于第2和第3號(hào)外顯子的多態(tài)性進(jìn)行分型的。

摘要運(yùn)用優(yōu)化的擴(kuò)增和克隆測序技術(shù)，建立了人類白細(xì)胞抗原（HLAB）基因的高分辨率分型方法。針對(duì)HLAB基因保守區(qū)序列設(shè)計(jì)引物進(jìn)行等位基因擴(kuò)增，基于質(zhì)粒不相容原理將雜合型等位基因有效克隆入質(zhì)粒DNA中，經(jīng)細(xì)菌培養(yǎng)后進(jìn)行Sanger測序，根據(jù)測序結(jié)果經(jīng)ClustalX2軟件分析和IMTG/HLA數(shù)據(jù)庫的BLAST比對(duì)即可完成HLAB基因的高分辨率分型。利用建立的方法對(duì)7例臨床樣本進(jìn)行了HLAB基因分型，并且與第三方直接堿基序列分析基因分型技術(shù)（PCRSBT）進(jìn)行比對(duì)，結(jié)果完全一致。本方法無需專業(yè)分型軟件，準(zhǔn)確度高，成本低；采用通用引物進(jìn)行等位基因的擴(kuò)增和測序，無需傳統(tǒng)方法中繁瑣的引物設(shè)計(jì)和過程優(yōu)化，實(shí)現(xiàn)了HLAB基因的高分辨率分型。關(guān)鍵詞人類白細(xì)胞抗原B基因； 克隆測序技術(shù)； Sanger測序； 高分辨率基因分型

1引言

人類白細(xì)胞抗原（Human leukocyte antigen，HLA）是由一系列緊密連鎖的基因座位所組成的具有高度多態(tài)性的復(fù)合體，是機(jī)體免疫系統(tǒng)的重要組成部分，在機(jī)體的抗原呈遞和免疫應(yīng)答中發(fā)揮重要作用，與人類疾病的發(fā)生、發(fā)展和預(yù)后密切相關(guān)。HLAB基因位于6號(hào)染色體短臂6p21.3區(qū)域，該基因的多態(tài)性非常復(fù)雜且主要位于第2和第3號(hào)外顯子，第2和第3號(hào)外顯子的總長度約550 bp左右，目前已發(fā)現(xiàn)的近千種基因型絕大多數(shù)是基于第2和第3號(hào)外顯子的多態(tài)性進(jìn)行分型的。

摘要運(yùn)用優(yōu)化的擴(kuò)增和克隆測序技術(shù)，建立了人類白細(xì)胞抗原（HLAB）基因的高分辨率分型方法。針對(duì)HLAB基因保守區(qū)序列設(shè)計(jì)引物進(jìn)行等位基因擴(kuò)增，基于質(zhì)粒不相容原理將雜合型等位基因有效克隆入質(zhì)粒DNA中，經(jīng)細(xì)菌培養(yǎng)后進(jìn)行Sanger測序，根據(jù)測序結(jié)果經(jīng)ClustalX2軟件分析和IMTG/HLA數(shù)據(jù)庫的BLAST比對(duì)即可完成HLAB基因的高分辨率分型。利用建立的方法對(duì)7例臨床樣本進(jìn)行了HLAB基因分型，并且與第三方直接堿基序列分析基因分型技術(shù)（PCRSBT）進(jìn)行比對(duì)，結(jié)果完全一致。本方法無需專業(yè)分型軟件，準(zhǔn)確度高，成本低；采用通用引物進(jìn)行等位基因的擴(kuò)增和測序，無需傳統(tǒng)方法中繁瑣的引物設(shè)計(jì)和過程優(yōu)化，實(shí)現(xiàn)了HLAB基因的高分辨率分型。關(guān)鍵詞人類白細(xì)胞抗原B基因； 克隆測序技術(shù)； Sanger測序； 高分辨率基因分型

1引言

人類白細(xì)胞抗原（Human leukocyte antigen，HLA）是由一系列緊密連鎖的基因座位所組成的具有高度多態(tài)性的復(fù)合體，是機(jī)體免疫系統(tǒng)的重要組成部分，在機(jī)體的抗原呈遞和免疫應(yīng)答中發(fā)揮重要作用，與人類疾病的發(fā)生、發(fā)展和預(yù)后密切相關(guān)。HLAB基因位于6號(hào)染色體短臂6p21.3區(qū)域，該基因的多態(tài)性非常復(fù)雜且主要位于第2和第3號(hào)外顯子，第2和第3號(hào)外顯子的總長度約550 bp左右，目前已發(fā)現(xiàn)的近千種基因型絕大多數(shù)是基于第2和第3號(hào)外顯子的多態(tài)性進(jìn)行分型的。