孟 霞,魯秦安,唐彩琰,陳樹林*,張文華
(西北農(nóng)林科技大學(xué)動(dòng)物醫(yī)學(xué)院,陜西楊凌 712100;2.西安文理學(xué)院,陜西西安 710065)
RNA干擾(RNA interference,RNAi)是指在進(jìn)化過(guò)程中,由高度保守的雙鏈RNA(double-stranded RNA,dsRNA)誘導(dǎo)同源mRNA高效特異性降解的現(xiàn)象[1]。它是生物體抵御外來(lái)感染的一種重要保護(hù)機(jī)制,為此RNAi被《Science》雜志評(píng)為2001年十大科技突破之一,名列2002年十大科學(xué)之首。2002年Nature雜志亦將RNAi評(píng)為年度重大科技成果之一?,F(xiàn)已證明RNAi現(xiàn)象廣泛存在于大多數(shù)真核生物中。dsRNA作為細(xì)胞內(nèi)源性基因表達(dá)調(diào)節(jié)物,具有低毒性和高特異性等特點(diǎn),且具有很強(qiáng)的基因沉默效率。dsRNA與靶基因有序列同源性,長(zhǎng)雙鏈RNA被導(dǎo)入或轉(zhuǎn)染至細(xì)胞內(nèi)時(shí),會(huì)被Dicer酶(dsRNA specific endonuclease,Dicer)裂解成短小干擾 RNA(short-interfering RNA,siRNA),然后被結(jié)合到誘導(dǎo)沉默復(fù)合體RISC(RNA-induced silencing complex,RISC)上,引導(dǎo) Ago2蛋白(slicing protein Argonatue 2)裂解靶基因 mRNA[2]。RNA干擾以其序列特異性的優(yōu)勢(shì)被廣泛應(yīng)用于阻斷或抑制基因表達(dá),這也使得它成為基因功能和基因治療的研究工具。在RNAi發(fā)揮基因沉默效能的過(guò)程中,許多因素都會(huì)直接或間接的影響最終的沉默效率和沉默時(shí)間。這些因素可被分別定位于3個(gè)不同的層次,包括siRNA類型的選擇,siRNA的遞送過(guò)程及細(xì)胞內(nèi)的RNAi路徑。本文分別就這3個(gè)層次和RNAi基因沉默動(dòng)力學(xué)的數(shù)學(xué)模型及其應(yīng)用做一綜述,以期能幫助人們更深入地認(rèn)識(shí)RNAi,促進(jìn)RNAi在臨床上的應(yīng)用進(jìn)程。
dsRNA是RNAi的初始誘導(dǎo)因子,但是,dsRNA必須被進(jìn)一步加工成適當(dāng)大小的siRNA才能發(fā)揮作用。RNAi的效應(yīng)分子主要有兩類,即siRNA和短發(fā)夾 RNA(short hairpin RNA,shRNA)。在被應(yīng)用于引發(fā)基因沉默效應(yīng)的過(guò)程中,化學(xué)合成的siRNA和載體表達(dá)的shRNA各存在其優(yōu)缺點(diǎn),現(xiàn)從4個(gè)方面予以論述。
siRNA在細(xì)胞內(nèi)的穩(wěn)定性較差,易被細(xì)胞內(nèi)核酸酶降解,因此較易產(chǎn)生脫靶效應(yīng);shRNA在細(xì)胞核內(nèi)產(chǎn)生,易于被細(xì)胞內(nèi)的特異機(jī)制進(jìn)行適當(dāng)?shù)募艚?,因此引起免疫副反?yīng)的幾率較小。細(xì)胞內(nèi)過(guò)多的shRNA會(huì)與內(nèi)源性的微小RNA(microRNA,miRNA)競(jìng)爭(zhēng)核轉(zhuǎn)運(yùn)受體,干擾miRNA正常功能的發(fā)揮,產(chǎn)生細(xì)胞毒性作用,而siRNA不會(huì)干擾miRNA的功能,不會(huì)產(chǎn)生類似的毒性。與shRNA相比,siRNA易于被進(jìn)行適當(dāng)?shù)男揎?,在不影響其沉默效率的同時(shí)提高其穩(wěn)定性,減輕非特異性反應(yīng)的發(fā)生。
在分裂活躍的細(xì)胞中,固定數(shù)量的siRNA隨細(xì)胞的分裂不斷被稀釋,導(dǎo)致其沉默效應(yīng)的短暫性。載體表達(dá)的shRNA可被整合于宿主細(xì)胞染色體,由宿主細(xì)胞持續(xù)合成,使其沉默效應(yīng)能維持較長(zhǎng)時(shí)間。Rao D D等[3]研究表明,少于5個(gè)拷貝的shRNA整合入宿主染色體就能有效地引起長(zhǎng)時(shí)間的基因沉默效應(yīng)。Takahashi Y等[4]研究表明,載體表達(dá)的shRNA誘導(dǎo)的基因沉默效應(yīng)的持續(xù)時(shí)間顯著長(zhǎng)于siRNA的沉默效應(yīng)時(shí)間。
siRNA在細(xì)胞質(zhì)中直接與RISC結(jié)合降解靶mRNA,因此,一旦siRNA進(jìn)入細(xì)胞質(zhì)便能立即發(fā)揮其基因沉默效應(yīng)。相反,shRNA的表達(dá)載體需要首先被轉(zhuǎn)染進(jìn)細(xì)胞核,轉(zhuǎn)錄出shRNA,然后再將shRNA運(yùn)出細(xì)胞核,在細(xì)胞質(zhì)中被剪切成siRNA發(fā)揮作用?;蛑委熝芯勘砻?,跨細(xì)胞核運(yùn)輸是轉(zhuǎn)染過(guò)程中遇到的最大挑戰(zhàn)之一。因此,在轉(zhuǎn)染效率方面,siRNA較shRNA具有更大的優(yōu)勢(shì)。
化學(xué)合成的siRNA引起短暫的基因沉默效應(yīng),因此可根據(jù)治療需要隨時(shí)調(diào)整用量。shRNA表達(dá)載體通過(guò)插入基因組持續(xù)表達(dá)shRNA發(fā)揮作用,基因沉默效率相對(duì)較高。同時(shí),插入shRNA表達(dá)載體的基因可因組蛋白的修飾和啟動(dòng)子區(qū)CpG島的高度甲基化而被沉默,但這種染色質(zhì)的沉默不僅不能引起長(zhǎng)時(shí)間的轉(zhuǎn)基因表達(dá),還會(huì)導(dǎo)致轉(zhuǎn)基因活性逐漸消失。而且,細(xì)胞核內(nèi)shRNA連續(xù)的高濃度表達(dá)還會(huì)引起細(xì)胞毒性作用。
綜上考慮,siRNA和shRNA在發(fā)揮RNAi效應(yīng)的不同方面各存在優(yōu)缺點(diǎn),實(shí)際應(yīng)用中應(yīng)根據(jù)具體情況選擇合適的小干擾RNA。
siRNA在細(xì)胞內(nèi)發(fā)揮基因沉默,因此,化學(xué)合成的siRNA要想發(fā)揮沉默效應(yīng),必須經(jīng)歷從體外到細(xì)胞內(nèi)的轉(zhuǎn)染過(guò)程,在其到達(dá)正確的靶細(xì)胞位置之前,有許多細(xì)胞外因素會(huì)影響它的穩(wěn)定性和傳遞效率,要想最終發(fā)揮良好的沉默效應(yīng),必須克服這些障礙。siRNA的系統(tǒng)性遞送必須涉及提高其循環(huán)半衰期和組織靶向性的機(jī)制[5]。
眾所周知,siRNA極不穩(wěn)定,一旦進(jìn)入機(jī)體,會(huì)很快被細(xì)胞外環(huán)境中的核糖核酸酶(RNase)降解,導(dǎo)致其在血液中的半衰期不足30min。通過(guò)對(duì)siRNA進(jìn)行化學(xué)修飾的方法可以增強(qiáng)其對(duì)血液中RNase的穩(wěn)定性[6],保護(hù)其免受降解?;瘜W(xué)修飾主要包括糖配基修飾、磷酸鹽連接修飾、堿基修飾、末端懸掛堿基修飾和末端結(jié)構(gòu)修飾以及雙鏈結(jié)構(gòu)修飾等[7]。這些修飾不會(huì)減弱siRNA的作用,相反,在提高其穩(wěn)定性的同時(shí),還可顯著提高其沉默效率。
除了RNase導(dǎo)致的降解外,由于siRNA高度親水且其分子量很小,遠(yuǎn)遠(yuǎn)低于腎小球過(guò)濾的最小界限,它們可很快被腎小球?yàn)V過(guò)清除,因此,腎的清除是影響體內(nèi)siRNA半衰期的重要限制因素。有些化學(xué)修飾(如RNA骨架中的硫代磷酸酯連接和4'含硫核苷酸)可通過(guò)促進(jìn)siRNA與血清蛋白的結(jié)合而提高它的半衰期。一種更方便快捷地調(diào)控和促進(jìn)siRNA生物分布的方法就是通過(guò)連接于小分子量配基來(lái)改變siRNA的結(jié)構(gòu),幾個(gè)比較令人關(guān)注的例子就是siRNA與抗體重鏈Fab片段,與膽固醇、膽汁酸和長(zhǎng)鏈脂肪酸等油脂分子,與細(xì)胞滲透性多肽(cell-penetrating peptides,CPP)等 的 結(jié) 合[8-9]。 抗體可精確識(shí)別細(xì)胞內(nèi)外抗原,實(shí)現(xiàn)siRNA的正確定位。siRNA有選擇地結(jié)合進(jìn)富含磷脂質(zhì)和膽固醇(主要是高密度脂蛋白和低密度脂蛋白)的脂蛋白顆粒內(nèi)。這些親脂性的siRNA-脂蛋白復(fù)合體通過(guò)回避腎的清除和經(jīng)由脂蛋白的受體促進(jìn)細(xì)胞的攝取而達(dá)到提高siRNA生物分布的作用。CPP又稱為蛋白轉(zhuǎn)導(dǎo)結(jié)構(gòu)域或膜轉(zhuǎn)導(dǎo)序列,它是短的陽(yáng)離子多肽,最多含有30個(gè)氨基酸,它可以通過(guò)直接穿越細(xì)胞膜或通過(guò)細(xì)胞的內(nèi)吞作用被攝取而達(dá)到傳遞siRNA到細(xì)胞內(nèi)的作用。
siRNA準(zhǔn)確高效的干擾作用的發(fā)揮要求siRNA必須具有靶向性。研究證明,體細(xì)胞對(duì)siRNA會(huì)產(chǎn)生強(qiáng)烈的炎癥反應(yīng),非靶向的細(xì)胞會(huì)攝取大量siRNA,在大量消耗siRNA的同時(shí),還增強(qiáng)了炎癥反應(yīng)的程度。由此可見,siRNA的遞送方式也直接影響RNAi效應(yīng)的發(fā)揮。要解決這一問(wèn)題,就要找到適合特定組織的siRNA遞送方式。目前,已有很多成功的例子。
核苷酸還原酶M2亞基(RRM2)是一個(gè)抗癌靶點(diǎn),Davis M E 等[10]使用納米顆粒包裹 RRM2 siRNA,并且在顆粒表面有轉(zhuǎn)鐵蛋白(TF)使其具有靶向性,將納米顆粒分別在第1、3、8、10、21天通過(guò)靜脈注射注入三位黑色素瘤患者體內(nèi),并且不同患者給予不同的劑量。在經(jīng)過(guò)一個(gè)治療周期后,腫瘤組織活檢結(jié)果發(fā)現(xiàn),納米顆??梢蕴禺惗ㄎ挥谀[瘤組織當(dāng)中,而在其相鄰的表皮中沒(méi)有發(fā)現(xiàn)。腫瘤組織當(dāng)中的納米顆粒的密度隨著給藥劑量的增大而增強(qiáng)。此外,通過(guò)實(shí)時(shí)定量逆轉(zhuǎn)錄-PCR(qRT-PCR)來(lái)測(cè)定患者腫瘤組織當(dāng)中的RRM2mRNA水平,經(jīng)過(guò)納米顆粒治療后,該mRNA水平有顯著降低,并且這一過(guò)程具有劑量依賴的關(guān)系。通過(guò)免疫組織化學(xué)染色及Western bot的方法證明在siRNA治療后,RRM2蛋白質(zhì)表達(dá)水平同樣降低。這些結(jié)果提示,全身給予攜帶siRNA的靶向納米顆粒后,該顆??梢蕴禺愋缘囟ㄎ挥谀[瘤組織,并且有效地通過(guò)siRNA抑制靶基因的轉(zhuǎn)錄和翻譯從而達(dá)到治療效果。
脂質(zhì)納米顆粒(liposomal nanoparticles,LNPs)能有效地遞送siRNA,尤其是其中的一類稱為穩(wěn)定核酸脂質(zhì)復(fù)合物(stable nucleic acid lipid particle,SNALP),通過(guò)對(duì)脂類進(jìn)行PEG修飾使得復(fù)合物獲得了親水性外層,從而增強(qiáng)了其在血漿中的穩(wěn)定性。SNALP還增加siRNA的載荷并且改善細(xì)胞對(duì)siRNA的攝取及胞內(nèi)釋放,因此SNALP被應(yīng)用于人臨床治療中多種肝靶向性的RNAi項(xiàng)目。最近2年,研究發(fā)現(xiàn)了2種新型的可電離的和陽(yáng)離子的脂質(zhì)[11-12],它們具有良好的活性,可被應(yīng)用于新一代的LNP-siRNA遞送系統(tǒng)。它們都介導(dǎo)有效的LNP對(duì)siRNA的遞送,分別被稱為可電離的LNPs(iLNPs)和陽(yáng)離子LNPs(cLNPs)。Akinc A 等[13]證明載脂蛋白E(apoE)是iLNPs的內(nèi)源性的靶向性配基,它介導(dǎo)iLNPs對(duì)siRNA的肝靶向性運(yùn)輸。
siRNA在克服RNase的降解和腎的清除作用順利進(jìn)入細(xì)胞內(nèi)后,也有很多因素會(huì)影響其沉默效率。
被內(nèi)吞作用攝取的siRNA通常會(huì)被困在內(nèi)吞體中而無(wú)法擴(kuò)散到細(xì)胞質(zhì)中發(fā)揮作用,這種現(xiàn)象在主要通過(guò)內(nèi)吞作用被攝取的siRNA載體中最常見。這種情況下,如何提高siRNA從內(nèi)吞體的逃逸率成為關(guān)鍵問(wèn)題。截至目前,已有多種方法被用于應(yīng)對(duì)解決這一難題。在此以CPP的運(yùn)輸為例進(jìn)行說(shuō)明。CPP和siRNA的復(fù)合體主要通過(guò)內(nèi)吞作用進(jìn)入細(xì)胞,進(jìn)入后即被困于內(nèi)吞體內(nèi)。主要有兩種方法可以促進(jìn)復(fù)合體的釋放。其一,可將能破壞細(xì)胞膜穩(wěn)定性的化學(xué)試劑或融合肽連接于siRNA/CPP復(fù)合體,通過(guò)破壞細(xì)胞膜促進(jìn)siRNA的釋放[14]。其二,可將光敏劑或熒光染料連接于siRNA/CPP復(fù)合體,在光刺激下,光敏劑或熒光染料誘導(dǎo)產(chǎn)生高活性的單線態(tài)氧,促進(jìn)內(nèi)吞體細(xì)胞膜破裂釋放siRNA。而且,這種光誘導(dǎo)的siRNA釋放方法還提供了一種從時(shí)空上控制RNAi的思路。Endoh T等[15]將一種僅在特定波長(zhǎng)下才被激活的熒光染料連接于CPP上,通過(guò)控制光強(qiáng)度調(diào)節(jié)RNAi的發(fā)生。在這種情況下,光刺激不是RNAi的增強(qiáng)因子,而是激發(fā)因子。這樣,就可人為地控制RNAi的發(fā)生時(shí)間,這對(duì)我們將RNAi應(yīng)用于局部治療是非常有利的。
AGO蛋白是影響siRNA沉默效率的主要的細(xì)胞內(nèi)因子。Lund E等[16]研究表明,內(nèi)源性Ago2核酸內(nèi)切酶活性缺失的早期胚胎和卵母細(xì)胞不能發(fā)生RNAi。眾所周知,AGO蛋白是RISC中具有mRNA剪切活性和翻譯抑制活性的蛋白質(zhì),siRNA先導(dǎo)鏈只有裝載于AGO蛋白上才能發(fā)揮基因沉默效應(yīng)[17]。而AGO蛋白還可結(jié)合miRNA,也就意味著如果AGO蛋白大部分被miRNA占據(jù),進(jìn)入細(xì)胞內(nèi)的siRNA就會(huì)找不到AGO蛋白來(lái)對(duì)其進(jìn)行裝載,導(dǎo)致siRNA未發(fā)揮作用就被降解。就這一點(diǎn)而言,細(xì)胞內(nèi)RNAi的效率在很大程度上取決于AGO蛋白的可用性[18]。因此,如果要用外源性的siRNA來(lái)誘導(dǎo)RNAi,為取得良好的沉默效果,可以通過(guò)提高細(xì)胞表達(dá)AGO蛋白的效率來(lái)為外源siRNA提供充足的“空載”AGO蛋白。已經(jīng)有研究證明,AGO蛋白的超表達(dá)可以提高哺乳動(dòng)物細(xì)胞內(nèi)的RNAi效率[19]。但是,目前仍不知道機(jī)體內(nèi)AGO蛋白的表達(dá)是如何被調(diào)控的,也不知道如何控制AGO蛋白的表達(dá),所以這方面還需進(jìn)一步的深入研究。
RNAi是機(jī)體內(nèi)部固有的抗病毒機(jī)制,為了克服這種抗病毒反應(yīng),病毒也相應(yīng)的編碼一些RNAi沉默抑制因子(RNA silencing suppressor,RSS),這些RSS通過(guò)多種途徑降低RNAi的沉默效應(yīng)[20]。RSS主要以兩種形式發(fā)揮作用:蛋白質(zhì)形式和RNA形式。抑制蛋白可以通過(guò)抑制Dicer活性或者與dsRNA結(jié)合來(lái)降低RNAi的效率。病毒相關(guān)的RNA可以通過(guò)與Dicer和RISC結(jié)合使其達(dá)到飽和狀態(tài)不能結(jié)合siRNA而阻止RNAi反應(yīng),它們還可以作為miRNA發(fā)揮作用抑制宿主mRNA的翻譯,同時(shí),它們還通過(guò)抑制Exportin 5的作用限制premiRNA從細(xì)胞核到細(xì)胞質(zhì)的運(yùn)輸。為了提高RNAi效率,我們可以設(shè)計(jì)針對(duì)RSS的siRNA,通過(guò)限制RSS在細(xì)胞內(nèi)的表達(dá)減輕它的抑制效應(yīng),從而使RNAi更好地發(fā)揮抗病毒作用。
細(xì)胞內(nèi)靶mRNA的數(shù)量和靶蛋白的穩(wěn)定性也會(huì)影響siRNA的干擾效率[21]。細(xì)胞內(nèi)siRNA的存活需要有效數(shù)量的靶mRNA的存在,因此靶mRNA的轉(zhuǎn)錄水平會(huì)直接影響siRNA在細(xì)胞內(nèi)的持續(xù)時(shí)間。如果靶蛋白的半衰期很長(zhǎng),即使siRNA能夠有效地抑制靶mRNA的翻譯,由于殘余數(shù)量的靶蛋白的存在,RNAi也不會(huì)改變細(xì)胞的表型。siRNA會(huì)隨細(xì)胞的分裂而被稀釋,細(xì)胞的分裂速率決定了RNAi的持續(xù)時(shí)間,因此靶細(xì)胞類型也會(huì)影響siRNA的干擾效率。
綜合以上分析,多種不同因素在不同層次上影響RNAi的效率,我們可以將各種關(guān)鍵的影響因素綜合起來(lái),建立數(shù)學(xué)模型,系統(tǒng)深入的分析各種因素的作用,并以此作為參考,合理地設(shè)計(jì)siRNA治療方案,最終促進(jìn)RNAi在治療領(lǐng)域的應(yīng)用。
BartlettD W等[22]第一次構(gòu)建了包含諸如siRNA載體的生物分布和細(xì)胞內(nèi)siRNA的釋放等機(jī)體內(nèi)控制siRNA運(yùn)輸過(guò)程的各種因素的數(shù)學(xué)模型,用來(lái)進(jìn)行siRNA介導(dǎo)的基因沉默的動(dòng)力學(xué)研究。模型分析的結(jié)果也被用于根據(jù)靶蛋白的半衰期和靶細(xì)胞分裂的速率來(lái)制定用藥方案,通過(guò)重復(fù)的siRNA注射來(lái)誘發(fā)持續(xù)的基因沉默效應(yīng)。Bartlett D W等[23]還進(jìn)一步將他們的數(shù)學(xué)模型用于多項(xiàng)體內(nèi)和體外的以陽(yáng)離子環(huán)糊精為基礎(chǔ)的siRNA納米顆粒的基因沉默研究,用以提供更多的信息幫助設(shè)計(jì)更為有效的siRNA運(yùn)輸策略。
Vandenbroucke R E等[24]通過(guò)對(duì)數(shù)學(xué)模型的分析建立了體內(nèi)siRNA按時(shí)間控制釋放入細(xì)胞質(zhì)的方法。他們運(yùn)用帶陽(yáng)離子的能被生物降解的多聚β氨基酯類與帶負(fù)電荷的siRNA形成納米大小的靜電復(fù)合體,通過(guò)內(nèi)吞作用攝入細(xì)胞內(nèi)。細(xì)胞內(nèi)陽(yáng)離子聚合物被水解,它們降解產(chǎn)物的積累會(huì)增加內(nèi)吞小泡內(nèi)的滲透壓。當(dāng)超過(guò)一定的壓力極限時(shí),內(nèi)吞小泡會(huì)破裂。據(jù)猜測(cè),聚合物的降解速率和單個(gè)內(nèi)吞小泡內(nèi)聚合物的數(shù)量會(huì)控制內(nèi)吞小泡膜上滲透壓的增長(zhǎng)速率,因此,并不是所有的內(nèi)吞小泡在同一時(shí)間破裂。通過(guò)這種方式,siRNA可依賴于聚合物的降解不斷地釋放到細(xì)胞質(zhì)中,引起較長(zhǎng)久的基因沉默效率。
與以上的方法相似,Raemdonck K等[25]還設(shè)計(jì)了浸有siRNA的微膠,通過(guò)水凝膠交聯(lián)的水解引起其內(nèi)包含的siRNA按時(shí)間控制釋放。根據(jù)水凝膠的特性,siRNA的釋放時(shí)間可以被隨機(jī)調(diào)整,可以是幾小時(shí),幾天,甚至幾個(gè)星期。因?yàn)檫@種凝膠可被靶細(xì)胞攝取,它們可以作為細(xì)胞內(nèi)儲(chǔ)存siRNA的倉(cāng)庫(kù),緩慢地降解,并釋放其內(nèi)包含的siRNA,引起較長(zhǎng)久的基因沉默效應(yīng)。
RNAi技術(shù)由于其高效性和高度特異性,已成為頗為理想的細(xì)胞水平基因敲除工具,并迅速成為后基因組時(shí)代功能基因組學(xué)研究中不可或缺的重要手段。然而,在RNA干擾試驗(yàn)積累的經(jīng)驗(yàn)中發(fā)現(xiàn),在RNAi發(fā)揮基因沉默效能的過(guò)程中,從siRNA類型的選擇、siRNA向體內(nèi)的遞送直至siRNA進(jìn)入細(xì)胞產(chǎn)生干擾效應(yīng)等各個(gè)環(huán)節(jié),許多因素都會(huì)直接或間接的影響最終的沉默效率和沉默時(shí)間。隨著對(duì)這些因素的深入研究,必將會(huì)一一克服所有的困難和障礙,使RNAi技術(shù)在不久的將來(lái)得到普遍的應(yīng)用。
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