蘇曉梅 劉衛(wèi)東 柳李旺 龔義勤
(1 南京農(nóng)業(yè)大學(xué)園藝學(xué)院,江蘇南京 210095;2 金陵科技學(xué)院,江蘇南京 211169)
我國(guó)茄子(Solanum melongenaL.)栽培歷史悠久,品種類型繁多,種質(zhì)資源十分豐富,僅國(guó)家蔬菜種質(zhì)資源中期庫(kù)就保存茄子及其近緣野生種資源1 601 份(2005年統(tǒng)計(jì))(連勇 等,2006)。為了更好的進(jìn)行茄子種質(zhì)資源的搜集、整理、品種的選育和推廣及品種鑒定、親緣關(guān)系遠(yuǎn)近等研究,本文就形態(tài)學(xué)標(biāo)記、細(xì)胞學(xué)標(biāo)記、生化標(biāo)記、DNA 分子標(biāo)記等標(biāo)記方法在茄子種質(zhì)資源分類上的應(yīng)用進(jìn)行了綜述。
植物在長(zhǎng)期演化、適應(yīng)環(huán)境的過程中,植株形態(tài)上出現(xiàn)了各種各樣的特征,依據(jù)這些形態(tài)特征對(duì)其進(jìn)行分類,是最早也是最經(jīng)典的用于蔬菜分類的方法。廣義的形態(tài)學(xué)標(biāo)記方法還包括那些借助簡(jiǎn)單測(cè)試即可識(shí)別的某些性狀,如生理特性、抗病蟲性等。依據(jù)形態(tài)學(xué)性狀進(jìn)行分類,簡(jiǎn)單、明了、直觀、易于操作,普遍被育種學(xué)家所應(yīng)用和接受。
茄子的主要形態(tài)學(xué)性狀為葉、莖、花、果實(shí),其中果實(shí)性狀最為典型,茄子最早分類多以果實(shí)性狀為依據(jù),一般將栽培茄分為圓茄、卵茄、長(zhǎng)茄等類型,有的研究涉及到野生茄,一般將其單獨(dú)分為一類。Bauhin(1623)最早進(jìn)行了茄子的實(shí)驗(yàn)分類,將茄子分為果實(shí)無刺和果實(shí)帶刺兩種類型。后人又對(duì)其分類進(jìn)行了一些調(diào)整。Linnaeus(1753)首先確定茄屬名為Solanum,種名為S.melongena,并命名半野生茄為S.incanum和S.insanum。Bailey(1929)根據(jù)果形及植株形態(tài)特征將Solanum melongenaL.分為圓茄、長(zhǎng)茄、卵茄,這種分類主要對(duì)栽培種分類,未涉及到半栽培種和野生種。后來日本的Hara(1944)也對(duì)茄子進(jìn)行了分類,但由于其局限性不適宜目前全球化的科研工作,我國(guó)現(xiàn)代學(xué)術(shù)著作中,仍采用Bailey 的果形分類法(譚俊杰,1982)?!吨袊?guó)蔬菜品種志·下卷》中茄子品種的分類也主要依據(jù)其形態(tài)學(xué)性狀分為圓茄、卵茄、長(zhǎng)茄及野生茄等(中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院蔬菜花卉研究所,2001)。趙德新等(2009)對(duì)55 個(gè)茄子種質(zhì)資源的植株、果實(shí)等18 個(gè)形態(tài)學(xué)性狀進(jìn)行主成分和聚類分析時(shí),依據(jù)種質(zhì)間遺傳距離將供試材料聚為圓茄、卵圓茄和長(zhǎng)茄3 大類群,并認(rèn)為遺傳差異與地理來源無必然聯(lián)系。
近年來,我國(guó)有研究結(jié)合地理來源從形態(tài)學(xué)水平對(duì)茄子進(jìn)行分類,在茄子種質(zhì)資源分類上也具有一定的實(shí)際應(yīng)用價(jià)值。連勇等(2006)通過對(duì)國(guó)家蔬菜種質(zhì)資源中期庫(kù)保存的茄子及其近緣野生種資源統(tǒng)計(jì)分析,按照各地區(qū)主要種植茄子果形、果色的差異將我國(guó)大致分為7 個(gè)地方品種類型分布區(qū)域:圓果型茄子區(qū)、黑紫色長(zhǎng)棒型茄子區(qū)、紫紅色長(zhǎng)條型茄子區(qū)、紫紅色長(zhǎng)棒型卵圓型茄子區(qū)、紫紅色長(zhǎng)果型茄子區(qū)、紫色卵圓(高圓)型茄子區(qū)、紫色棒型卵圓型茄子區(qū)。有研究按不同地區(qū)氣候條件的差異,將茄子分為南亞熱帶品種群、北亞熱帶品種群、南溫帶品種群、中北溫帶品種群等4 個(gè)不同的生態(tài)品種群(張偉春 等,2002)。
隨著數(shù)量分類學(xué)的應(yīng)用,用數(shù)值方法根據(jù)性狀狀態(tài)將分類單位歸類成類元,行以品種為分類單位,列以性狀為分類單位,將原始數(shù)據(jù)標(biāo)準(zhǔn)化處理,對(duì)品種進(jìn)行Q 型聚類,對(duì)性狀則采用R 型聚類,做出性狀分類樹狀圖。其核心就是將所有的分類性狀加以等權(quán)處理,再以性狀間的相似性來進(jìn)行歸類(吳仲賢,1993;盧紋岱,2002)。這種方法綜合了各種形態(tài)信息,采用構(gòu)建樹狀圖的形式,可以精確再現(xiàn)研究對(duì)象之間的親疏關(guān)系(趙冰 等,2007),已成功應(yīng)用于多種植物種質(zhì)資源的分類,在與茄子同科的番茄(張學(xué)時(shí) 等,2010)、辣椒(鄒學(xué)校 等,2004)等上都有應(yīng)用。易金鑫(2000)觀測(cè)了102 份茄子種質(zhì)資源的50 個(gè)性狀并用數(shù)量分類學(xué)方法對(duì)觀測(cè)群體進(jìn)行分類,將群體分為栽培種和野生種,栽培種又可分為半栽培類群、栽培短茄類群和栽培長(zhǎng)茄類群,彌補(bǔ)了Bailey 分類中未涉及半栽培種和野生種的不足。利用數(shù)量分類學(xué)方法進(jìn)行茄子的形態(tài)學(xué)分類,克服了傳統(tǒng)的形態(tài)學(xué)性狀分類僅能通過觀測(cè)籠統(tǒng)的將茄子分成幾個(gè)大類、各類群內(nèi)茄子的親疏無法判斷的弊端,可以通過聚類從形態(tài)學(xué)上判斷觀測(cè)對(duì)象間的親緣關(guān)系,為種質(zhì)資源分類提供較科學(xué)的依據(jù)。
細(xì)胞學(xué)標(biāo)記方法是以染色體數(shù)目及其核型特征的差異分析鑒定植物種質(zhì)材料親緣關(guān)系的鑒定方法,根據(jù)染色體的數(shù)目、形態(tài)、解剖特征以及分子特征辨明其親緣關(guān)系。目前利用細(xì)胞學(xué)方法對(duì)茄子的研究主要通過分析野生茄與栽培茄、不同品種栽培茄的染色體差異,推斷其親緣關(guān)系遠(yuǎn)近。多數(shù)研究認(rèn)為栽培茄與野生茄親緣關(guān)系較密切并存在遺傳上的同質(zhì)性,不同品種栽培茄間形態(tài)學(xué)性狀上的差異可能是由染色體微小的結(jié)構(gòu)差異引起的。
吳世斌和李正理(1985)對(duì)幾種野生茄和栽培茄染色體形態(tài)的初步研究認(rèn)為,試驗(yàn)材料中目前栽培的果實(shí)圓形的安陽茄與野生茄(20 號(hào))的染色體組型較為相近,這很可能可以推斷其進(jìn)化關(guān)系。張贊平和侯小改(1996)對(duì)3 個(gè)栽培茄品種進(jìn)行核型分析,通過與已有報(bào)道的對(duì)比,表明栽培茄與野生茄各材料間親緣關(guān)系密切并具有遺傳上的同質(zhì)性。詹園鳳等(2009)對(duì)兩個(gè)栽培茄品種進(jìn)行核型分析,通過其核型的相似性指出這兩份材料間具有相似的遺傳特性,可能有很近的親緣關(guān)系,并推測(cè)這兩個(gè)茄子品種外部形態(tài)的差異很可能是由內(nèi)部染色體的微小結(jié)構(gòu)變化引起的,這與Krishrappa 和Chennaveeraiah(1975)、吳世斌和李正理(1985)、張贊平和侯小改(1996)的報(bào)道相一致。
生化標(biāo)記檢測(cè)的是植物蛋白質(zhì),通常來說是同工酶。不同器官的分化是在一定條件下基因的順序表達(dá),而蛋白質(zhì)和酶類是基因表達(dá)的直接產(chǎn)物,是第二遺傳信使(褚孟嫄 等,1988),同工酶酶譜的相似性可以反映物種親緣關(guān)系,從而確定物種起源的分類關(guān)系。同工酶酶譜分析技術(shù)在生物學(xué)科中已得到廣泛應(yīng)用,在系統(tǒng)分類、親緣關(guān)系、遺傳變異、品種鑒定等領(lǐng)域中具有重要作用。
柳李旺等(2002)在對(duì)茄子及其近緣野生種幾種同工酶的初步研究中,通過3 種同工酶酶譜相似度的分析,發(fā)現(xiàn)3 個(gè)栽培茄品種酶譜較相似,并指出卵圓型品種為栽培種分化的過渡類型,而栽培種與野生茄的親緣關(guān)系也較近,與喀西茄和紅茄親緣關(guān)系次之。Isshiki 等(2000)對(duì)一種紅茄和栽培茄的人工雙二倍體自交后代的379 株植株進(jìn)行同工酶分析時(shí),將其分為5 種基因型群體,并認(rèn)為同工酶的分離不是由染色體數(shù)目變異引起的,而是與同工酶基因的遺傳分離有關(guān)。Karihaloo 等(2002)對(duì)茄子栽培種(S.melongena)以及一些近緣種(S.incanum、S.insanum、S.macrocarpon、S.virginianum、S.viarum、S.torvum、S.sisymbriifolium)的種子蛋白質(zhì)進(jìn)行SDS-PAGE 分析,并進(jìn)行了聚類,結(jié)果表明除了S.macrocarpon被單獨(dú)劃為一類外,其他材料被分到一大類中。這一大類中,S.viarum、S.torvum、S.sisymbriifolium都分別為一小類,而S.melongena、S.incanum、S.insanum中的個(gè)體都有很高的相似性,被聚為一類。
目前生化標(biāo)記在茄子種質(zhì)資源鑒定分類上的研究,主要集中在栽培茄與其近緣種關(guān)系上的探索,通過蛋白類物質(zhì)的差異可以推斷出材料間親緣關(guān)系的親疏,并推斷其進(jìn)化關(guān)系。
分子標(biāo)記是進(jìn)行植物種質(zhì)資源鑒定分類的有效工具,利用分子標(biāo)記技術(shù)可以較準(zhǔn)確的進(jìn)行種質(zhì)資源的分類與遺傳多樣性研究。分子標(biāo)記從遺傳物質(zhì)DNA 水平上研究遺傳變異規(guī)律,能夠排除環(huán)境條件對(duì)基因表達(dá)的影響,從而使結(jié)果更加可靠。分子標(biāo)記已被廣泛應(yīng)用于生物研究的各個(gè)領(lǐng)域。目前多種分子標(biāo)記技術(shù)被應(yīng)用于茄子種質(zhì)資源分類中,如RFLP(擴(kuò)增片段長(zhǎng)度多態(tài)性)、RAPD(隨機(jī)擴(kuò)增多態(tài)性)、SSR(簡(jiǎn)單重復(fù)序列)、ISSR(簡(jiǎn)單序列重復(fù)區(qū)間擴(kuò)增多態(tài)性)、AFLP(擴(kuò)增片段長(zhǎng)度多態(tài)性)、SRAP(相關(guān)序列擴(kuò)增多態(tài)性)、IRAP(反轉(zhuǎn)錄轉(zhuǎn)座子位點(diǎn)間擴(kuò)增多態(tài)性)等。
利用分子標(biāo)記對(duì)茄子種質(zhì)資源進(jìn)行鑒定分類的研究中,多數(shù)將分子標(biāo)記聚類結(jié)果與傳統(tǒng)形態(tài)學(xué)分類的果形果色及材料地理來源進(jìn)行對(duì)比。但不同研究者采用不同的分子標(biāo)記方法得出的結(jié)果有較大差異;采用相同的分子標(biāo)記方法但不同的試驗(yàn)材料,得出的結(jié)果也不盡相同。
該技術(shù)是利用限制性內(nèi)切酶酶解不同生物體的DNA 分子后,用特異探針進(jìn)行Southern 雜交,通過放射自顯影來揭示DNA 的多態(tài)性,該標(biāo)記為共顯性標(biāo)記。用RFLP 標(biāo)記對(duì)茄子種質(zhì)資源進(jìn)行分類的研究在國(guó)內(nèi)鮮見報(bào)道,僅國(guó)外有一些研究。Isshiki 等(1998)對(duì)茄子栽培種和近緣種的葉綠體DNA(cpDNA)的PCR 擴(kuò)增的3.2 kb 片斷進(jìn)行了RFLP 分析,后用10 種限制性內(nèi)切酶酶切該片段后電泳,根據(jù)限制性內(nèi)切酶酶譜的差異將9 個(gè)近緣野生種分成5 族;還對(duì)栽培茄和近緣種的線粒體DNA(mtDNA)進(jìn)行了RFLP 分析(Isshiki et al.,2003),聚類后發(fā)現(xiàn)結(jié)果與葉綠體DNA 研究結(jié)果及其形態(tài)學(xué)性狀存在一些差異。
RAPD 標(biāo)記簡(jiǎn)單易行,故在茄子種質(zhì)資源分類研究上應(yīng)用較多。一般是將試驗(yàn)材料聚類后與形態(tài)學(xué)分類作對(duì)比,有的結(jié)果與經(jīng)典形態(tài)學(xué)分類基本相符,有的卻并不完全一致,多數(shù)研究認(rèn)為遺傳關(guān)系與地理來源無必然聯(lián)系。封林林等(2002)利用RAPD 標(biāo)記分析茄子品種的親緣關(guān)系,將35 份材料大體分為4 個(gè)主要群體,其中3 個(gè)群體屬于短茄類型,1 個(gè)群體屬于長(zhǎng)茄類型。王秋錦等(2007)用RAPD 標(biāo)記方法根據(jù)Jaccard 相似系數(shù)和組內(nèi)連接法建立的系統(tǒng)聚類圖將34 份來自不同國(guó)家的茄子品種大致分為兩大類:圓茄和長(zhǎng)茄,與經(jīng)典的形態(tài)學(xué)分類基本相符,認(rèn)為可以以果形作為茄子品種分類的指標(biāo)。而冉進(jìn)等(2007)進(jìn)行茄子種質(zhì)資源遺傳多樣性RAPD 分析時(shí),將53 份材料分為5 個(gè)類群,發(fā)現(xiàn)聚類結(jié)果與Bailey 的以果實(shí)形態(tài)為基礎(chǔ)的分類不完全一致,與地理分布沒有聯(lián)系。陳杰等(2008)對(duì)16 份茄子栽培種與野生種種質(zhì)資源遺傳關(guān)系進(jìn)行RAPD 分析時(shí),依相似系數(shù)0.83 分為3 個(gè)類群:栽培茄、水茄、紅茄,也認(rèn)為不能以果形和果色作為分類的標(biāo)準(zhǔn)。Stedje 和Bukenya-Ziraba(2003)用RAPD 標(biāo)記研究18 個(gè)茄子品種的遺傳多樣性時(shí),發(fā)現(xiàn)被分為不同種的兩個(gè)S.aethiopicum群體:Gilo 群體和Shum 群體,用RAPD 標(biāo)記難以區(qū)分開而被聚在一類中,認(rèn)為遺傳距離與地理分布沒有必然的相關(guān)性。
SSR 標(biāo)記又稱STMS,以PCR 為基礎(chǔ),DNA 用量少,技術(shù)簡(jiǎn)便,易于操作,重復(fù)性和穩(wěn)定性好。但由于SSR 引物的開發(fā)非常昂貴,而茄子的研究又相對(duì)滯后,故目前在茄子種質(zhì)資源分類上的報(bào)道有限,且研究結(jié)果也存在一些分歧。
Behera 等(2006)用STMS 標(biāo)記進(jìn)行茄子遺傳多樣性和種群關(guān)系評(píng)價(jià)研究時(shí)將包括92 份栽培茄(S.melongena)品種,S.insanum、S.incanum、S.integrifolium和S.sysimbriifolium各1 份材料在內(nèi)的共96 份材料分為3 大類:第一類包括大部分栽培茄品種及S.insanum和S.incanum,第二類包括少部分栽培茄品種及S.integrifolium,S.sysimbriifolium單獨(dú)成一類,且發(fā)現(xiàn)本土品種與外來品種并沒有分別聚在不同類群中。韓洪強(qiáng)(2009)用形態(tài)學(xué)標(biāo)記和SSR 標(biāo)記分析126份茄子種質(zhì)資源的遺傳多樣性,在相似系數(shù)為0.54 時(shí)聚為兩大類,第一類為野生近緣種,在相似系數(shù)為0.67 時(shí)將第二類中的材料又分為半栽培種和栽培種兩個(gè)類型,與用形態(tài)學(xué)分類的結(jié)果完全相符。而王秋錦(2008)用SSR 和RAPD 標(biāo)記分別聚類,結(jié)果表明兩種分子標(biāo)記的聚類結(jié)果基本一致,但對(duì)栽培種的分類與傳統(tǒng)的果形分類不一致,認(rèn)為與種質(zhì)來源也無相關(guān)性。
除以上幾種分子標(biāo)記外,ISSR、AFLP、SRAP、IRAP 等標(biāo)記方法在茄子種質(zhì)資源分類上的應(yīng)用也有少量報(bào)道。毛偉海等(2006)利用ISSR 標(biāo)記將57 個(gè)南方長(zhǎng)茄品種劃分為6 個(gè)類群,認(rèn)為類群劃分與地理來源沒有很大關(guān)系。趙德新(2009)研究發(fā)現(xiàn)用形態(tài)學(xué)性狀和ISSR 標(biāo)記聚類的相似度很高,研究結(jié)果還表明果形是劃分茄子類型的比較穩(wěn)定的指標(biāo)。
Mace 等(1999)對(duì)茄子栽培種及其近緣種共36 份品系的遺傳關(guān)系進(jìn)行了AFLP 分析,在Jaccard相似系數(shù)0.5 水平上將材料分為4 大類,有5 個(gè)品系在此水平未分入這幾個(gè)大類中。Furini 和Wunder(2004)對(duì)94 份茄子栽培種和野生近緣種從形態(tài)學(xué)上進(jìn)行了鑒定,并依靠AFLP 標(biāo)記做了驗(yàn)證,將以前未歸類的9 個(gè)種中的8 個(gè)種歸入到應(yīng)該在的種群中。并指出形態(tài)學(xué)觀察和分子標(biāo)記分析的數(shù)據(jù)是一致的,表明這兩種方法都可以作為定義像茄屬一樣較大的屬的系統(tǒng)發(fā)生。廖毅等(2009)對(duì)54 份栽培種茄子高代自交系及4 份近緣野生種進(jìn)行了遺傳多樣性的AFLP 分析,在相似系數(shù)0.915 處將栽培茄分為兩大類,聚類結(jié)果表明種質(zhì)分類與果實(shí)性狀和地理來源都存在一定的相關(guān)性。
Li 等(2010)利用SRAP 標(biāo)記將56 份栽培茄及其近緣種材料在相似系數(shù)0.78 水平分為3個(gè)類群:S.melongena(栽培茄)、S.aethiopicum、S.surattense,認(rèn)為SRAP 技術(shù)是研究茄子遺傳多樣性和種質(zhì)分類的有效工具。李懷志等(2011)利用SRAP 標(biāo)記對(duì)36 個(gè)茄子栽培品種進(jìn)行了遺傳多樣性分析及指紋圖譜的構(gòu)建,將36 份材料分為4 個(gè)類群,認(rèn)為茄子所屬類群與地理來源無關(guān)。
IRAP 標(biāo)記是一種基于植物反轉(zhuǎn)錄轉(zhuǎn)座子的分子標(biāo)記方法,根據(jù)反轉(zhuǎn)錄轉(zhuǎn)座子的LTR(Long terminal repeat)包含的保守序列設(shè)計(jì)引物,這些引物在PCR 過程中可以與LTRs 反轉(zhuǎn)錄轉(zhuǎn)座子的相應(yīng)區(qū)域退火,從而擴(kuò)增出相鄰的同一家族的反轉(zhuǎn)錄轉(zhuǎn)座子成員間的片段(Leigh et al.,2003)。趙海艷等(2008)對(duì)該標(biāo)記在茄子種質(zhì)分類上的反應(yīng)體系進(jìn)行了探索,認(rèn)為該技術(shù)適于茄子種質(zhì)資源親緣關(guān)系的分析。
作為一種分布廣泛的蔬菜作物,目前關(guān)于茄子種質(zhì)資源分類的研究報(bào)道很多,但研究結(jié)果卻一直存在分歧。筆者發(fā)現(xiàn)存在分歧的原因可能是:目前對(duì)茄子種質(zhì)資源分類的研究以分子標(biāo)記方法為主,各種分子標(biāo)記體系不斷被開發(fā)優(yōu)化,且研究結(jié)果多與經(jīng)典形態(tài)學(xué)分類方法作對(duì)比。但由于長(zhǎng)期的人工選擇,研究單位搜集到的栽培種材料形態(tài)學(xué)性狀差異較大,但其攜帶的遺傳信息卻可能僅有極小的差異,而這些不同的遺傳信息用所采用的分子標(biāo)記方法并不能完全獲得,故形態(tài)學(xué)標(biāo)記與分子標(biāo)記方法獲得的結(jié)果會(huì)有所不同。
鑒于此,對(duì)茄子種質(zhì)資源分類的研究今后應(yīng)著重加強(qiáng)以下幾方面。
①加強(qiáng)茄子種質(zhì)資源的搜集鑒定。種質(zhì)資源搜集是其分類的基礎(chǔ),研究材料不應(yīng)僅以栽培茄為主,應(yīng)拓寬材料的范圍,加大對(duì)野生種及近緣種的研究比例。
②保證材料具有相同的基因純合度。進(jìn)行種質(zhì)資源分類一般需要材料的數(shù)量較大,若要分類結(jié)果更加科學(xué)合理,最好能保證所用材料的基因純合度相同。這可能需要較大的投入和較長(zhǎng)的時(shí)間。
③優(yōu)化現(xiàn)有方法,尋找新的分類途徑。就目前來看,茄子種質(zhì)資源分類最常用的仍是經(jīng)典的形態(tài)學(xué)分類,但形態(tài)學(xué)分類因其一些弊端僅適用于初期的研究,隨著研究的深入,務(wù)必需要應(yīng)用更加廣泛且科學(xué)的分類方法。故在今后的種質(zhì)資源分類工作中,需要結(jié)合材料的實(shí)際情況,選擇合適的分類方法,并綜合多種方法進(jìn)行鑒定分類,嘗試開發(fā)新的分類方法,對(duì)已有方法進(jìn)行適當(dāng)?shù)母牧?,使分類結(jié)果更加科學(xué)合理,為種質(zhì)資源的利用及育種工作奠定更堅(jiān)實(shí)的基礎(chǔ)。
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